Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 RHD-202ENST00000342055 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 DCAF11-217ENST00000559115 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 MGME1-202ENST00000377709 1936 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 SPERT-204ENST00000610924 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AL391244.1-206ENST00000447725 1843 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 PRG2-201ENST00000311862 1424 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 LINC02405-201ENST00000512624 1361 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 SRGAP2B-207ENST00000641863 2367 ntAPPRIS P5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 NR4A1-213ENST00000550082 2029 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 COL25A1-201ENST00000399126 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 BNIP1-201ENST00000231668 1339 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 STIM2-203ENST00000467011 3925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 AMT-204ENST00000427987 1646 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 WASHC3-201ENST00000240079 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 TNNT2-206ENST00000367320 1007 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 AC234782.1-201ENST00000451950 919 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 AC135178.1-201ENST00000458568 537 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 CDIP1-202ENST00000562334 1205 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 AC063977.3-201ENST00000597569 547 ntTSL 4 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 AC136475.1-202ENST00000602429 1151 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 C20orf141-202ENST00000603872 580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 ZNF79-201ENST00000342483 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 MAP2K3-202ENST00000342679 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 ARHGAP23-221ENST00000620417 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 DNASE2-201ENST00000222219 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 SH3KBP1-201ENST00000379697 1944 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 AC090515.2-201ENST00000500929 1396 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 CICP6-201ENST00000457191 2729 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 NDUFA11-202ENST00000418389 2406 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 TRPC6-206ENST00000532133 2648 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 C12orf76-209ENST00000615315 1580 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 SYCE2-201ENST00000293695 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 TMEM14B-202ENST00000379542 975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 AL137856.1-201ENST00000429398 773 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 PGAM1P5-201ENST00000548011 764 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 SEC23A-204ENST00000548032 907 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 AC008133.1-201ENST00000584688 557 ntTSL 4 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 ZNF586-206ENST00000599802 581 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 AL136295.7-201ENST00000619226 1200 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 AL589740.1-203ENST00000433637 1984 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 EGFR-203ENST00000344576 2864 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 RABL2B-202ENST00000395590 2380 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 BCAR3-210ENST00000539242 2114 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 A1BG-AS1-204ENST00000595302 2130 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 CDC37-201ENST00000222005 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 ANAPC5-201ENST00000261819 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 TLL1-206ENST00000513213 1829 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 SRPX-206ENST00000544439 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 API5-203ENST00000455725 2257 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 TAF11-201ENST00000361288 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 AC091951.1-201ENST00000512854 2465 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 UBXN11-207ENST00000374223 1312 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 MC1R-202ENST00000555147 3099 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 TMBIM7P-202ENST00000641474 1516 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 ACOX3-202ENST00000413009 2374 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 SOWAHB-201ENST00000334306 3220 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 IER3-201ENST00000259874 1244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 MRPS22-201ENST00000310776 1120 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 PRTFDC1-202ENST00000376376 741 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 LINC01352-201ENST00000431347 962 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 PTK2-225ENST00000520892 571 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 AC117500.3-201ENST00000537032 666 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 NFIC-204ENST00000586919 1221 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 AC004706.3-207ENST00000634823 977 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 ADRA1A-204ENST00000380573 2548 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 FARS2-202ENST00000324331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 GOLGA8R-201ENST00000327271 1896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 ANXA6-215ENST00000523714 2451 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 RFK-201ENST00000376736 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 HSPA4L-204ENST00000508776 3020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 RHD-203ENST00000357542 1387 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 LINC00900-201ENST00000499809 3322 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 POP4-201ENST00000221770 2321 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 PRR5-203ENST00000403581 2279 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 CASP6-202ENST00000352981 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 ATP6V1H-202ENST00000359530 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 IL9-201ENST00000274520 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 COX8C-201ENST00000342144 533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 DPCD-202ENST00000370151 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 FAM177A1-202ENST00000382406 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 AL139412.1-202ENST00000452465 675 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 CSTF3-206ENST00000524827 693 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TCOF1Q13428 CFL1-206ENST00000527344 962 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
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