Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 STIP1-201ENST00000305218 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ABHD18-202ENST00000398965 2177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC136759.1-203ENST00000527477 2196 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ELOF1-203ENST00000586683 2154 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ETV3-201ENST00000326786 1539 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 DNM1-201ENST00000341179 3254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ENDOV-212ENST00000520284 2500 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TUBB1P2-201ENST00000422712 1306 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TUBB1P1-201ENST00000503144 1300 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TPD52L2-204ENST00000351424 2302 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CCAR2-201ENST00000308511 4853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TLE2-203ENST00000443826 2238 ntTSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ARHGAP23-221ENST00000620417 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 C7orf31-201ENST00000283905 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MBNL1-205ENST00000355460 5941 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SCYL1-214ENST00000533862 2570 ntTSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 WIPF3-202ENST00000409123 3491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SHMT2-202ENST00000414700 2006 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SYNRG-223ENST00000616179 4050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 WRAP53-202ENST00000396463 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 COL11A2-202ENST00000361917 6104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 GCFC2-201ENST00000321027 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 FLAD1-205ENST00000368431 1803 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TBCEL-205ENST00000529397 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 KIAA1211-206ENST00000541073 4117 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 FAM104A-201ENST00000403627 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TSPAN32-204ENST00000381121 999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 NDUFA3-203ENST00000391763 338 ntTSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 VAMP1-202ENST00000396308 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 BAATP1-201ENST00000412284 1225 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 FO681548.1-201ENST00000455617 1132 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 BX322559.1-201ENST00000456613 319 ntTSL 3 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ARHGEF26-AS1-201ENST00000467912 628 ntTSL 3 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CRYGN-205ENST00000491928 698 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC108725.1-201ENST00000495472 409 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ROPN1B-210ENST00000514116 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC113383.1-201ENST00000514696 582 ntTSL 4 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 HBS1L-208ENST00000525067 582 ntTSL 3 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 GCHFR-203ENST00000558670 412 ntTSL 3 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC046168.2-201ENST00000560590 875 ntTSL 3 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 IFT20-206ENST00000578122 834 ntTSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 IFT20-208ENST00000578985 831 ntTSL 3 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CLUHP6-201ENST00000580789 941 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 INO80C-210ENST00000590757 595 ntTSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC243960.2-201ENST00000600996 747 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC244093.1-201ENST00000610837 814 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 C9orf50-202ENST00000619117 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC006449.3-201ENST00000620144 563 ntTSL 4 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SEPT8-206ENST00000378706 4168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 FRS2-206ENST00000549921 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TOM1-209ENST00000447733 2317 ntTSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC026412.1-203ENST00000507841 2338 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC007495.1-201ENST00000501259 2678 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AKNA-206ENST00000374088 5464 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ARHGAP9-203ENST00000424809 2569 ntTSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 FAM230B-201ENST00000415376 1859 ntTSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC008079.1-201ENST00000434390 1859 ntTSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TEKT4-201ENST00000295201 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SIGLEC8-203ENST00000430817 1528 ntTSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SLC6A8-201ENST00000253122 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SCARB1-202ENST00000339570 3329 ntTSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MAMLD1-203ENST00000370401 4854 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 GCK-203ENST00000395796 2539 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SGK2-206ENST00000423407 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 STT3B-201ENST00000295770 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC009237.3-202ENST00000608013 3042 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 NRCAM-217ENST00000613830 3025 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 UBE2J1-201ENST00000435041 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC136621.1-201ENST00000624017 2304 ntBASIC11.83□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 FAM222B-202ENST00000452648 2836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.83□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 AC104836.1-202ENST00000636805 6041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.83□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 YY1AP1-210ENST00000368339 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.83□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 PDLIM5-202ENST00000318007 1960 ntTSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 GPSM2-202ENST00000406462 7433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.83□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 TMEM106C-201ENST00000256686 1394 ntTSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ELMO1-209ENST00000448602 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 SYP-207ENST00000479808 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 LAP3-211ENST00000618908 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 GNAO1-202ENST00000262494 5767 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 TFAP2A-201ENST00000319516 2035 ntTSL 5 BASIC11.83□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ECE1-204ENST00000415912 5099 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 MAP2K6-209ENST00000613873 1509 ntTSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.1 ms