Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 AP5Z1-201ENST00000348624 2901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 IQCE-203ENST00000402050 6844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 ACP7-201ENST00000331256 2966 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 CERK-201ENST00000216264 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 C15orf41-208ENST00000566621 2866 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 MLLT10-201ENST00000307729 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 CCDC32-201ENST00000358005 1704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 PRDM1-203ENST00000369096 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 CXCL12-206ENST00000395795 404 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 TGFBR3-204ENST00000465892 2908 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 PCDHA2-202ENST00000520672 3056 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 AC027088.1-201ENST00000557966 1117 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 RUSC1-204ENST00000368352 3403 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 VPS52-212ENST00000445902 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 OR2V1-202ENST00000641318 2665 ntAPPRIS P1 BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 LCOR-202ENST00000356016 4834 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 ZNF619-201ENST00000314686 2233 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 OGFOD2-224ENST00000545612 1465 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 CCNJ-201ENST00000265992 4115 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 USP36-201ENST00000312010 5234 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 GSPT1-202ENST00000434724 7105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 DUSP18-204ENST00000403268 2920 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 CAP2-209ENST00000616440 2776 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 AC138028.2-202ENST00000567968 4528 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 PRDM15-201ENST00000269844 4881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 ADD3-202ENST00000356080 3081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 MARK1-201ENST00000366917 2946 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 AC019294.4-201ENST00000561777 2905 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 CYP4F2-202ENST00000221700 2407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 TMUB2-202ENST00000357984 1921 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 PRAME-214ENST00000543184 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 RIC1-201ENST00000251879 4127 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 SLC29A1-204ENST00000371731 2258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 MAST1-201ENST00000251472 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 CAMKMT-204ENST00000407131 652 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 CNN2P2-201ENST00000443536 909 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 CNN2P3-201ENST00000450201 906 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 AL136317.3-201ENST00000618497 906 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 CTCFL-205ENST00000423479 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 ACSM2B-207ENST00000565232 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 GNAI2-201ENST00000266027 2169 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 HSPH1-201ENST00000320027 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 PCDHB5-201ENST00000231134 3408 ntAPPRIS P1 BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 DRC3-203ENST00000399187 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 CAVIN1-201ENST00000357037 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 RPS6KA4-201ENST00000334205 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 GPER1-203ENST00000397092 2971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 KIRREL3-205ENST00000529097 3397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 PAX6-276ENST00000640684 1557 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 LINC00887-202ENST00000414120 2880 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 ELMSAN1-201ENST00000286523 8091 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 CMBL-201ENST00000296658 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 AP1M2-207ENST00000590923 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 C18orf15-201ENST00000623680 2534 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 KIRREL2-203ENST00000360202 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 PPT1-213ENST00000641319 2388 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 MTCL1-203ENST00000400050 6042 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 CRMP1-205ENST00000512574 2764 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 CNN1-210ENST00000592923 1848 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 DNAH14-204ENST00000366849 2215 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 ELF4-201ENST00000308167 4165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 TMPRSS2-202ENST00000398585 3240 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 YAE1D1-202ENST00000432096 968 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
BRPF3Q9ULD4 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.7 ms