Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AC021054.1-202ENST00000543884 599 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 LINC02299-201ENST00000556669 430 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AL132711.1-201ENST00000557546 722 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 RPL28-206ENST00000558752 671 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 CMTM3-212ENST00000566121 572 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 SMIM24-203ENST00000587847 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AC005597.1-201ENST00000588092 420 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 ENPP7P14-201ENST00000621765 1040 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 PFAS-212ENST00000625942 396 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 FRMD5-209ENST00000484674 2319 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 TM4SF19-AS1-203ENST00000452051 1829 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 ASAH1-201ENST00000262097 2618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 CHST10-203ENST00000409701 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 MEOX1-202ENST00000329168 2129 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 NXN-210ENST00000575801 2681 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 VAC14-202ENST00000536184 2161 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 MTFMT-201ENST00000220058 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 SCNN1D-205ENST00000379116 3044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 GPAT2-204ENST00000453542 2466 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 LINC00554-201ENST00000564841 3011 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 MAD1L1-202ENST00000399654 2762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 PCED1B-202ENST00000546455 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 IQCA1L-203ENST00000615129 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 ZMYND10-202ENST00000360165 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 SF3B4-201ENST00000271628 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 SNAP91-205ENST00000439399 4452 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 NDUFA11-202ENST00000418389 2406 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 SMPDL3A-201ENST00000368440 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 PSMD13-215ENST00000621534 1572 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 PNRC1-203ENST00000369472 816 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 GZMB-202ENST00000382540 816 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 MIR658-201ENST00000385210 100 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AC018467.1-201ENST00000421581 717 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 MDM2-215ENST00000428863 1037 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 MNX1-AS2-201ENST00000429228 374 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AC245100.3-201ENST00000441281 285 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 LINC01939-201ENST00000445279 694 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 SLC45A2-204ENST00000509381 1040 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 ATG10-207ENST00000513443 978 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 CCKBR-204ENST00000531712 463 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AC008011.2-201ENST00000538113 792 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 ATXN2-AS-201ENST00000547021 485 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 GCHFR-204ENST00000559445 626 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 RPS15-202ENST00000585665 467 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 MCM7-202ENST00000343023 1968 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 CPSF7-202ENST00000394888 3650 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 TMPRSS4-214ENST00000523251 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 SLC25A4-201ENST00000281456 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 PARP16-201ENST00000261888 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 OSBP2-209ENST00000438716 2747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 ZNF79-201ENST00000342483 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 GSN-215ENST00000545652 2428 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 VSIG10-202ENST00000359236 4946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 GJB6-202ENST00000356192 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 FAM160B1-203ENST00000369250 2870 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 PACS1-201ENST00000320580 4392 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 PRSS54-201ENST00000219301 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 PCBP2-202ENST00000359462 1814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 MAP2K7-201ENST00000397979 3361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 PCSK2-205ENST00000536609 2275 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 UPF3B-202ENST00000345865 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 GLUL-201ENST00000311223 4719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 RTN4RL1-201ENST00000331238 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 FBXL19-204ENST00000471231 3641 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 GRID2IP-201ENST00000435185 3215 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 NOX3-201ENST00000159060 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 EPHX2-209ENST00000521780 2038 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 FBXO45-202ENST00000440469 3689 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 MIEF2-203ENST00000395704 2879 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 PQLC2L-201ENST00000312275 1201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 THEMIS2-204ENST00000373927 1082 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AL157834.2-201ENST00000451737 663 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 HOXC-AS3-201ENST00000509870 544 ntTSL 4 BASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 RNA5SP486-201ENST00000515961 83 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 CEP57L1-208ENST00000519095 908 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 LINC02449-203ENST00000536034 451 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AC027601.2-201ENST00000571085 805 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AC138951.2-201ENST00000623455 1161 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 RHOXF1P1-202ENST00000635473 501 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AHRR-201ENST00000316418 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 RGS6-210ENST00000553530 5685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 YY1AP1-210ENST00000368339 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 ZSCAN30-212ENST00000639929 1305 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 PML-215ENST00000565898 5393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms