Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC27.23■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
LIMCH1Q9UPQ0 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms