Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS39Q96JC1 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 141.8 ms