Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP53Q70EK8 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms