Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SHHQ15465 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SHHQ15465 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SHHQ15465 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SHHQ15465 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SHHQ15465 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SHHQ15465 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SHHQ15465 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SHHQ15465 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
SHHQ15465 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SHHQ15465 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SHHQ15465 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SHHQ15465 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SHHQ15465 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SHHQ15465 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SHHQ15465 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SHHQ15465 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SHHQ15465 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SHHQ15465 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SHHQ15465 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SHHQ15465 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SHHQ15465 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
SHHQ15465 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SHHQ15465 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SHHQ15465 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SHHQ15465 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SHHQ15465 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHHQ15465 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHHQ15465 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHHQ15465 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHHQ15465 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHHQ15465 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHHQ15465 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHHQ15465 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHHQ15465 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHHQ15465 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHHQ15465 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHHQ15465 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHHQ15465 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHHQ15465 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHHQ15465 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHHQ15465 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHHQ15465 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHHQ15465 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHHQ15465 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHHQ15465 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHHQ15465 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHHQ15465 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHHQ15465 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHHQ15465 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
SHHQ15465 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
SHHQ15465 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHHQ15465 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHHQ15465 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHHQ15465 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHHQ15465 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHHQ15465 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHHQ15465 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHHQ15465 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHHQ15465 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHHQ15465 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHHQ15465 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHHQ15465 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHHQ15465 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHHQ15465 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHHQ15465 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHHQ15465 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHHQ15465 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHHQ15465 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHHQ15465 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHHQ15465 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHHQ15465 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHHQ15465 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHHQ15465 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHHQ15465 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHHQ15465 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHHQ15465 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHHQ15465 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHHQ15465 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHHQ15465 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHHQ15465 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHHQ15465 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHHQ15465 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SHHQ15465 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SHHQ15465 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SHHQ15465 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SHHQ15465 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SHHQ15465 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SHHQ15465 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SHHQ15465 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SHHQ15465 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SHHQ15465 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SHHQ15465 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
SHHQ15465 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SHHQ15465 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SHHQ15465 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SHHQ15465 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SHHQ15465 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SHHQ15465 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SHHQ15465 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
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