Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC35.29■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC35.29■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC35.29■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC35.28■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC35.28■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC35.27■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC35.27■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.27■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC35.27■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC35.27■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC35.26■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.26■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC35.25■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC35.25■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC35.25■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.24■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC35.21■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC35.21■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC35.21■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC35.2■■■■□ 3.23
TCOF1Q13428 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.2■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.19■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.18■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC35.17■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.17■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC35.16■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC35.16■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.16■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.15■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.15■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC35.14■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
TCOF1Q13428 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC35.13■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC35.13■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC35.13■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC35.13■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.12■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.12■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC35.12■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.12■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.12■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC35.11■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC35.11■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC35.1■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC35.1■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC35.1■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.1■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.1■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC35.1■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.1■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC35.08■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC35.08■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.08■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC35.08■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.08■■■■□ 3.21
TCOF1Q13428 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.07■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC35.07■■■■□ 3.2
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