Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VIMP08670 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VIMP08670 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VIMP08670 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VIMP08670 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VIMP08670 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VIMP08670 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
VIMP08670 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VIMP08670 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VIMP08670 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VIMP08670 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VIMP08670 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VIMP08670 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VIMP08670 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VIMP08670 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VIMP08670 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VIMP08670 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VIMP08670 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VIMP08670 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VIMP08670 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VIMP08670 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VIMP08670 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VIMP08670 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VIMP08670 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VIMP08670 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VIMP08670 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VIMP08670 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VIMP08670 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VIMP08670 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VIMP08670 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VIMP08670 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VIMP08670 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VIMP08670 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VIMP08670 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VIMP08670 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VIMP08670 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VIMP08670 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VIMP08670 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VIMP08670 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VIMP08670 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VIMP08670 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VIMP08670 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VIMP08670 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VIMP08670 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VIMP08670 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VIMP08670 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VIMP08670 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VIMP08670 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VIMP08670 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VIMP08670 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VIMP08670 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
VIMP08670 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VIMP08670 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VIMP08670 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VIMP08670 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VIMP08670 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VIMP08670 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VIMP08670 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VIMP08670 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VIMP08670 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VIMP08670 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VIMP08670 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VIMP08670 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VIMP08670 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VIMP08670 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VIMP08670 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VIMP08670 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VIMP08670 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VIMP08670 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VIMP08670 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VIMP08670 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VIMP08670 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VIMP08670 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VIMP08670 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
VIMP08670 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VIMP08670 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VIMP08670 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VIMP08670 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VIMP08670 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VIMP08670 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VIMP08670 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VIMP08670 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VIMP08670 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VIMP08670 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VIMP08670 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VIMP08670 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VIMP08670 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
VIMP08670 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VIMP08670 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VIMP08670 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VIMP08670 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VIMP08670 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VIMP08670 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VIMP08670 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VIMP08670 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VIMP08670 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VIMP08670 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VIMP08670 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VIMP08670 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VIMP08670 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms