Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 PARD3B-206ENST00000462231 2968 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 USH1C-202ENST00000318024 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 LINC02199-201ENST00000506655 2702 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 ELAVL2-208ENST00000544538 3789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 RBM38-204ENST00000371219 760 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 NRM-202ENST00000376420 1228 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AIMP2-202ENST00000395236 860 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 HNRNPA1P41-201ENST00000397777 928 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 FAM58BP-201ENST00000439056 645 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AC116345.2-201ENST00000512837 523 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AC093525.1-201ENST00000569317 596 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 CLEC11A-202ENST00000599973 1026 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AC073352.2-201ENST00000609385 439 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 RN7SL736P-201ENST00000613111 269 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 COX6A1P2-201ENST00000620597 330 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 FGR-202ENST00000374004 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 PIGC-201ENST00000344529 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 CCNE1-202ENST00000357943 1641 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 ASAH1-221ENST00000636128 1608 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 SLC43A2-202ENST00000412517 1658 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 LSS-205ENST00000457828 4390 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 SLC22A12-205ENST00000473690 2522 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 UBE2D1-204ENST00000615793 2621 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PTPN20-206ENST00000395722 1995 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PNPLA5-202ENST00000381198 2000 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 RHOXF1-201ENST00000217999 769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 ALG1L-201ENST00000340333 805 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 IL27-201ENST00000356897 1044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 TNNT2-206ENST00000367320 1007 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 TCEAL6-201ENST00000372773 983 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CELA2B-201ENST00000375910 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 KRTAP10-3-201ENST00000391620 971 ntAPPRIS P1 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 VDAC1P1-201ENST00000439229 848 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 KLF2P1-201ENST00000447438 1042 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AL353637.1-201ENST00000451571 732 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CEP164P1-201ENST00000455142 418 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 HLA-J-204ENST00000495278 958 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CPLX2-209ENST00000515094 576 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC009779.1-201ENST00000551138 283 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 RPS15-202ENST00000585665 467 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC132192.2-201ENST00000596206 1147 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 ALG1L-202ENST00000611639 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 NDUFB5-216ENST00000611971 951 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 LINC01517-203ENST00000616194 908 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 MLLT10-216ENST00000621220 381 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CDK7-214ENST00000626796 358 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CDK7-215ENST00000629350 1149 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CCDC197-205ENST00000636493 1279 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 KLK11-207ENST00000594768 1347 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 SLC41A3-211ENST00000508835 1480 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 GPBAR1-203ENST00000521462 1465 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 MVK-214ENST00000629016 1591 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 EPHA10-203ENST00000427468 3167 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 TMEM51-204ENST00000428417 1942 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 NCOA5-201ENST00000290231 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC105250.1-201ENST00000509378 2057 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 RNASE10-201ENST00000328444 717 ntAPPRIS P1 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 LIMS1-206ENST00000414829 439 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AL139246.4-201ENST00000442305 514 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC098935.1-201ENST00000446057 611 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 LINC02046-201ENST00000469812 378 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 LIMS3-205ENST00000487150 782 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 RCC2P8-201ENST00000502779 1035 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC019193.1-201ENST00000506678 823 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC015689.1-201ENST00000525365 462 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC117500.3-201ENST00000537032 666 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PGAM1P5-201ENST00000548011 764 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 SNHG14-213ENST00000551077 638 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 NAT9-212ENST00000581136 1011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.5 ms