Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 SLC43A2-202ENST00000412517 1658 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 C15orf52-202ENST00000397536 4717 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AC068587.6-202ENST00000641839 5619 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 ENO2-211ENST00000541477 2549 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 KIAA1211-201ENST00000264229 4109 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 TAF8-203ENST00000372982 1805 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 XK-201ENST00000378616 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 SLC11A2-204ENST00000541174 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 GCFC2-201ENST00000321027 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 IMPDH1-201ENST00000338791 2881 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 IMPDH1-217ENST00000626419 2862 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 GLYCTK-207ENST00000477382 1304 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AL591623.1-201ENST00000417786 1960 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 WARS2-202ENST00000369426 2811 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 UNKL-201ENST00000248104 4320 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 VIPAS39-202ENST00000343765 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 S100A14-204ENST00000368702 1218 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AL356441.1-201ENST00000452618 492 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 ZNF890P-202ENST00000530367 1156 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 MAPKAPK5-203ENST00000547305 494 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AC110491.3-201ENST00000631985 460 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 PNPLA5-201ENST00000216177 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 APPL1-201ENST00000288266 6058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 GEMIN7-201ENST00000270257 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 OAS1-202ENST00000445409 1684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 ANXA8-203ENST00000583874 1860 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 DNAJC14-201ENST00000317269 3330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 SNX14-202ENST00000346348 3348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 SLC6A20-204ENST00000456124 2662 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 TMPRSS6-202ENST00000381792 3260 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 MPDU1-201ENST00000250124 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 INHBA-205ENST00000638023 2002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 HTR3A-206ENST00000506841 2221 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 USP10-201ENST00000219473 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 ABLIM3-206ENST00000506113 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 AC105339.1-201ENST00000440089 1362 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 PPP1R16A-201ENST00000292539 2722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 CYP1A1-210ENST00000617691 2521 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 KCNT1-211ENST00000491806 3678 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 DMAP1-203ENST00000372289 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 STOML1-204ENST00000541638 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 BACE2-203ENST00000347667 8764 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 NRXN1-204ENST00000401669 5870 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 INPP5D-201ENST00000359570 5274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 TMC6-216ENST00000590602 5268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 GOLGA8M-201ENST00000563027 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 GPANK1-205ENST00000375906 2793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 C3orf62-201ENST00000343010 4235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 ZNF219-203ENST00000451119 2918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 TFF2-201ENST00000291526 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 DBNDD2-205ENST00000372717 1207 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 C14orf178-204ENST00000557011 474 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 AC044860.1-202ENST00000559481 777 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 GPX4-206ENST00000588919 803 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 AC073592.8-201ENST00000624126 511 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 PODN-202ENST00000371500 3287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 COL25A1-203ENST00000399132 2724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 MAPT-206ENST00000415613 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 TMEM209-202ENST00000462753 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 ZNF165-201ENST00000377325 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 LZTR1-201ENST00000215739 4572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 NCK1-201ENST00000288986 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 EDEM2-202ENST00000374492 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 SALL3-201ENST00000536229 3997 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 FKBP6-202ENST00000413573 1507 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 SLC35G3-201ENST00000297307 2004 ntAPPRIS P1 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 MAGED4B-202ENST00000360134 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 ZFP36L1-201ENST00000336440 3026 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 SLC34A2-203ENST00000504570 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 ZC3HAV1-204ENST00000471652 3182 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 AC087499.5-201ENST00000452760 1342 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 FAM110C-201ENST00000327669 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 GABPB1-202ENST00000359031 1633 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 UBC-205ENST00000536769 3745 ntAPPRIS P1 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 SLC5A7-201ENST00000264047 5152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 KCNS1-201ENST00000306117 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 PDZD4-201ENST00000164640 3689 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 CYB561D1-202ENST00000369868 1085 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms