Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 ALDH3A2-221ENST00000581518 2785 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC007787.1-201ENST00000588095 1583 ntBASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 INO80C-210ENST00000590757 595 ntTSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 DARS-AS1-209ENST00000594219 1420 ntTSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PSMB6-205ENST00000614486 871 ntTSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 NOP16-209ENST00000618911 1087 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CTSD-211ENST00000637387 1597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PIGT-246ENST00000639499 2021 ntTSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 EIF4G1-209ENST00000414031 5569 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 GTF2H1-203ENST00000453096 2707 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 FAM208A-201ENST00000355628 5239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 KATNA1-203ENST00000367411 1984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CRLS1-203ENST00000452938 3859 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ASB10-201ENST00000275838 1820 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC009961.1-203ENST00000607836 2520 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 LIPE-AS1-205ENST00000594688 2383 ntTSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TPBG-202ENST00000535040 3392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SLC44A2-203ENST00000586078 3784 ntTSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PLA1A-201ENST00000273371 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 DHCR7-202ENST00000407721 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 HNF4A-202ENST00000316673 1470 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 GPSM3-207ENST00000375043 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 C7orf49-201ENST00000393114 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CISH-202ENST00000443053 2167 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CALD1-222ENST00000495522 2199 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 UBAP1-201ENST00000297661 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 REPIN1-201ENST00000397281 3292 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CLDN22-201ENST00000323319 2581 ntAPPRIS P1 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PAFAH1B1-202ENST00000397195 5497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TOM1L2-202ENST00000379504 2418 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 GOLGA5-201ENST00000163416 2969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PKDREJ-201ENST00000253255 7693 ntAPPRIS P1 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SUPT20H-212ENST00000475892 2836 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 GNS-201ENST00000258145 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NEDD4L-202ENST00000356462 3335 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 UBE2D3-207ENST00000394801 2368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 C5orf38-207ENST00000515640 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 MYLK2-201ENST00000375985 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PSD4-201ENST00000245796 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 MFSD14B-201ENST00000375344 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PXMP4-202ENST00000344022 989 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 DSCR3-204ENST00000399001 821 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 METTL21A-202ENST00000406927 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PIN1P1-201ENST00000412108 996 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC134915.1-201ENST00000426461 574 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC093459.1-202ENST00000438963 768 ntTSL 3 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 MYCLP2-201ENST00000449268 967 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC067930.5-201ENST00000531730 1173 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC092552.1-201ENST00000547243 906 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC190387.1-201ENST00000551683 408 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 WASH4P-201ENST00000564273 1246 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC124283.3-201ENST00000570869 594 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ZNF324B-203ENST00000594214 564 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 Metazoa_SRP.112-201ENST00000613101 279 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 LINC01663-201ENST00000614596 535 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SF3B4-201ENST00000271628 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ANXA6-215ENST00000523714 2451 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AJ011931.1-201ENST00000618749 2492 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NUCKS1-201ENST00000367142 6496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CDR2L-201ENST00000337231 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TEX28-203ENST00000617225 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SLC16A3-211ENST00000581287 4830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TRAPPC11-202ENST00000357207 4435 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC138517.2-201ENST00000637503 2594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 MBD1-209ENST00000398495 2178 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 RPS9-205ENST00000402367 1617 ntTSL 3 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PCDHA6-203ENST00000529310 5374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SIK1-201ENST00000270162 4712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CU639417.2-201ENST00000613488 4705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 RHOBTB2-206ENST00000522948 4959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 FURIN-207ENST00000618099 4345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 DMTN-202ENST00000358242 2772 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ATP6V0D1-201ENST00000290949 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SLC4A2-202ENST00000413384 4142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PCYOX1-201ENST00000264441 2959 ntTSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 IDH3G-212ENST00000619865 1339 ntTSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TBC1D3G-201ENST00000569055 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TBC1D3H-201ENST00000610350 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TBC1D3L-202ENST00000617678 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ELFN1-201ENST00000424383 3845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.5 ms