Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 AP000253.1-201ENST00000449339 2233 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 MSR1-201ENST00000262101 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 CBSL-202ENST00000617706 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 BTN1A1-202ENST00000613186 2266 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 GABRA5-202ENST00000355395 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 DNAJC22-201ENST00000395069 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 CSNK1A1L-201ENST00000379800 2406 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 LETMD1-206ENST00000547008 1665 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 AKR1A1-202ENST00000372070 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 LAIR2-201ENST00000301202 699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 NCR3-202ENST00000376071 541 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 AC116609.2-201ENST00000431542 256 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 RPL18AP3-201ENST00000462885 528 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 MYLK-AS1-202ENST00000470449 760 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 NR2C2AP-207ENST00000544883 899 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 AC005696.1-201ENST00000572876 443 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 MIR6769A-201ENST00000617340 73 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 CENPK-202ENST00000396679 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 SAP130-202ENST00000259235 4065 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 CORO6-201ENST00000345068 2603 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 CHIA-204ENST00000369740 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 LOH12CR2-201ENST00000381800 1540 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 PLIN3-202ENST00000585479 1535 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 SVOPL-201ENST00000288513 1413 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 LHCGR-202ENST00000401907 1477 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 FMR1NB-201ENST00000370467 1021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 COPS7B-205ENST00000409295 1009 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 NSUN5P1-203ENST00000422386 972 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 AL365295.1-203ENST00000435322 566 ntTSL 4 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 LINC00028-201ENST00000435497 587 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 AC004869.1-201ENST00000440935 540 ntTSL 4 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 TREX1-202ENST00000444177 1200 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 PPOX-204ENST00000462866 473 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 NDUFS6P1-201ENST00000485187 316 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 AC091179.2-201ENST00000495536 532 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 ANXA5-210ENST00000515017 1190 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 LINC01848-201ENST00000523446 518 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 CRTC3-AS1-202ENST00000559531 657 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 PHBP15-201ENST00000574228 665 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 UBA52-208ENST00000596304 554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 HPN-206ENST00000597419 1212 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 FXYD6-FXYD2-202ENST00000614497 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 AC132872.2-201ENST00000581303 2368 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 CHCHD7-202ENST00000355315 1535 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 SNX14-215ENST00000513865 2259 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 HIBCH-201ENST00000359678 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 AC110813.1-201ENST00000507934 2209 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 SLC2A9-202ENST00000309065 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 CNGA4-201ENST00000379936 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 ATP6AP2-213ENST00000636251 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 SMTNL1-202ENST00000527972 1649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 FP565260.6-204ENST00000620528 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 PNPLA5-202ENST00000381198 2000 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 REM1-201ENST00000201979 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 FIS1-201ENST00000223136 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 UBE4B-203ENST00000377153 1273 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 RPP25L-202ENST00000378959 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 IGF1-205ENST00000424202 612 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 AL591242.1-203ENST00000434329 374 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 AC018463.1-201ENST00000456674 917 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 AC106047.1-202ENST00000467484 482 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 AC012379.2-201ENST00000560237 765 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 SLC27A5-204ENST00000594786 643 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 ZNF586-204ENST00000598183 603 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 STK26-204ENST00000481105 1835 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 PSMD13-215ENST00000621534 1572 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 ZNF398-203ENST00000483892 2121 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
NPHP3Q7Z494 BCAN-202ENST00000361588 2563 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms