Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 GPN3-201ENST00000228827 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AADAT-201ENST00000337664 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 TBC1D2B-201ENST00000300584 6067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AL022326.1-201ENST00000434516 1778 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 FOXO4-201ENST00000341558 1353 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 HS1BP3-203ENST00000406618 1375 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 ETV3-201ENST00000326786 1539 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 FKBP4P6-201ENST00000457486 1332 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 MAEA-207ENST00000505177 1340 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 KLK11-207ENST00000594768 1347 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AC084018.2-201ENST00000613093 2607 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 CSNK1A1L-201ENST00000379800 2406 ntAPPRIS P1 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 CBSL-202ENST00000617706 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 POU4F2-201ENST00000281321 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 ASNA1-201ENST00000357332 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 PBDC1-201ENST00000373357 977 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AL139339.1-201ENST00000411906 657 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 RPS9P1-201ENST00000419943 583 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 FAM58BP-201ENST00000439056 645 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 PGAP2-208ENST00000464229 863 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 RN7SL258P-201ENST00000478664 300 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AC008406.1-201ENST00000509530 541 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AP002803.1-201ENST00000528836 498 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AL031713.1-201ENST00000564813 661 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AC011462.2-201ENST00000598887 344 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 PRMT5-AS1-206ENST00000599580 847 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 ZNF586-206ENST00000599802 581 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 ERO1A-201ENST00000395686 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 ITSN2-201ENST00000355123 6300 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AC010327.3-201ENST00000591665 1643 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 ELFN2-208ENST00000430883 1970 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 SCGN-203ENST00000612225 1402 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 ANP32A-203ENST00000465139 2440 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 DBNDD1-202ENST00000304733 2081 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 SHC1P1-201ENST00000425230 1745 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 ETV4-211ENST00000591713 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AC025271.4-201ENST00000621477 1726 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 SPDEF-202ENST00000544425 1866 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 CELF2-206ENST00000608830 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AC132872.2-201ENST00000581303 2368 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 TAF15-205ENST00000603777 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 CCDC140-201ENST00000295226 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 CCNE1-203ENST00000444983 1680 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 LCK-201ENST00000333070 2166 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 TLCD2-201ENST00000330676 5971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AK6-201ENST00000380818 1183 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 MIR1227-201ENST00000408484 88 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 HPGD-203ENST00000422112 805 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 IGHV3-37-201ENST00000518544 340 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 POU5F1P2-201ENST00000521750 823 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 MRNIP-220ENST00000523084 1096 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AP000842.2-201ENST00000533033 517 ntTSL 4 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 STUB1-204ENST00000564370 875 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 SHBG-207ENST00000570547 801 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AL645941.3-201ENST00000580587 577 ntTSL 4 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 IGHV1OR21-1-201ENST00000622028 353 ntAPPRIS P1 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 E2F3P2-201ENST00000447755 1422 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 LINC00680-205ENST00000450081 1593 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 TVP23B-202ENST00000476139 2989 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 C16orf89-201ENST00000315997 1872 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 ASXL1-212ENST00000620121 5374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 TOB1-AS1-201ENST00000416263 1351 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 ADAD1-201ENST00000296513 1961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 PRPF31-203ENST00000419967 2269 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 ZAP70-201ENST00000264972 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 GPD2-201ENST00000310454 6041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 SEPHS1-201ENST00000327347 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 C2orf54-202ENST00000388934 1911 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 149.7 ms