Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 FAM109A-201ENST00000361483 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 LINC01750-202ENST00000438293 3068 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 STAMBPL1-204ENST00000371927 4184 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 ZFYVE28-201ENST00000290974 4131 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 ESPNL-201ENST00000343063 4836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 BCL9L-202ENST00000526143 5514 ntTSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 ARHGAP11B-210ENST00000622744 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 FOXO3-201ENST00000343882 7308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 LINC00391-201ENST00000433569 1844 ntTSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 PABPN1L-201ENST00000411789 873 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 FAM72B-205ENST00000471903 676 ntTSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 AC021744.1-201ENST00000518354 453 ntTSL 3 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 FLI1-205ENST00000527786 4127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 FAM120A-202ENST00000375389 3585 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 ATE1-202ENST00000369040 4803 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 TTLL4-212ENST00000457313 3723 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 TIGD4-201ENST00000304337 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 LIG1-203ENST00000536218 3179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 FURIN-207ENST00000618099 4345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 B3GNT4-202ENST00000535274 2938 ntAPPRIS P1 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 IRF2BP2-202ENST00000366610 4615 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 AC089987.1-201ENST00000551654 2209 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 PIGT-201ENST00000279035 1880 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 PRSS8-201ENST00000317508 1872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 COL25A1-203ENST00000399132 2724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 PUS1-202ENST00000376649 4094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 MLXIPL-203ENST00000354613 3215 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 AGAP4-208ENST00000618171 2387 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 FGFR3-203ENST00000352904 3733 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 CACNA1G-202ENST00000354983 8138 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 CC2D1B-201ENST00000284376 3377 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 LINC00475-202ENST00000416438 2506 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 IRF8-201ENST00000268638 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 ESPN-201ENST00000377828 3531 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 TTLL10-AS1-201ENST00000379317 3532 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 TANK-202ENST00000392749 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 LINC00863-201ENST00000439559 3287 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 CSNK1A1P1-201ENST00000430593 2147 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 CBX7-201ENST00000216133 4081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 SYN2-205ENST00000620175 3871 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 IGDCC3-201ENST00000327987 4479 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 ZNF786-202ENST00000491431 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 ACSM2A-209ENST00000573854 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 MINK1-201ENST00000347992 4863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 DDO-202ENST00000368924 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 MAX-219ENST00000618858 2141 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 KIAA1257-204ENST00000511438 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 FBXO34-201ENST00000313833 3464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 HTR3A-206ENST00000506841 2221 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 NR1H3-235ENST00000616973 1919 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 MAU2-201ENST00000262815 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 TBC1D9B-208ENST00000519746 2755 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 AC079336.5-201ENST00000581360 2480 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 PCNX1-202ENST00000439984 6988 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC18.78■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 KLHL42-201ENST00000381271 6703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 KLHL26-201ENST00000300976 4407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 ADRB2-201ENST00000305988 3443 ntAPPRIS P1 BASIC18.78■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 TIA1-206ENST00000445587 1440 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 UVRAG-201ENST00000356136 4123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC18.78■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 AL391845.1-202ENST00000449154 437 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.3 ms