Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CD83-201ENST00000379153 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 CLIC6-202ENST00000360731 3860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 MROH1-209ENST00000534366 5092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 TMED7-TICAM2-201ENST00000282382 3491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 TAF15-205ENST00000603777 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 IRF2BP2-201ENST00000366609 4663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 MDFIC-202ENST00000393486 4393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 APBA1-201ENST00000265381 6534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 C5orf24-204ENST00000504727 2923 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 RTN4IP1-201ENST00000369063 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 MIIP-201ENST00000235332 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 BCL11B-201ENST00000345514 7603 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 DYNC1LI2-203ENST00000443351 1502 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 CHAT-205ENST00000395562 2528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN10-201ENST00000252463 2463 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 DOK5-202ENST00000395939 1453 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 SLC3A2-208ENST00000536981 1486 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 LINC00593-202ENST00000560853 1483 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 SYNRG-217ENST00000612223 8229 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 CTBP1-209ENST00000510568 4250 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 KSR1-216ENST00000582410 2392 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 VPS16-203ENST00000380469 2318 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 STYXL1-203ENST00000359697 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AC020907.1-201ENST00000616460 1350 ntBASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 KCNAB2-212ENST00000458166 1336 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 TMEM239-202ENST00000380585 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 TMEM210-201ENST00000413619 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 TMEM107-204ENST00000437139 747 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 TAF8-204ENST00000456846 1293 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 CRYGN-205ENST00000491928 698 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 KRT18P25-201ENST00000508931 1278 ntBASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 NAALADL1-207ENST00000526799 959 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 TIMM44-201ENST00000270538 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP11B-210ENST00000622744 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 LRRFIP2-205ENST00000421276 2522 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 TM9SF1-201ENST00000261789 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 GPR61-206ENST00000616874 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AC008741.2-201ENST00000612792 3115 ntBASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 PSMD9-201ENST00000261817 2307 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 FOXP3-202ENST00000376199 2274 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 TMED5-202ENST00000370282 6104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 SEPT8-206ENST00000378706 4168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 SMAD2-202ENST00000356825 10445 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 C16orf58-201ENST00000327237 2793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 KAT8-201ENST00000219797 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 SMYD3-214ENST00000490107 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 ABHD3-201ENST00000289119 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 FAM151A-201ENST00000302250 2005 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 SNCAIP-202ENST00000261368 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 FGD1-201ENST00000375135 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 C14orf93-207ENST00000397382 1986 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AL365209.1-201ENST00000624418 6473 ntBASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 TMEM106C-201ENST00000256686 1394 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 MARC1-201ENST00000366910 7439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 RABEPK-201ENST00000259460 1313 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 CHST10-203ENST00000409701 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AC099850.1-201ENST00000451775 1338 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 IFNL2-201ENST00000331982 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 PGGT1BP2-201ENST00000398621 1028 ntBASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 PAFAH1B3-202ENST00000538771 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 RIT1-205ENST00000539040 919 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 GCHFR-203ENST00000558670 412 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AC025279.2-201ENST00000569730 653 ntBASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 DERL2-202ENST00000570848 657 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AL606495.2-201ENST00000605867 535 ntBASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AP005019.2-201ENST00000615104 511 ntBASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 SNX12-206ENST00000622259 661 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AC008687.7-202ENST00000637404 953 ntBASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AC099795.1-202ENST00000640492 759 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 RLF-201ENST00000372771 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 RNF32-204ENST00000392743 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 FAM156B-202ENST00000509613 1701 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 NUDT16-202ENST00000521288 6108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 ATP2C1-224ENST00000533801 3690 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 FADS2-210ENST00000522056 1689 ntTSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC006063.2-201ENST00000640161 1696 ntTSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 CCDC110-209ENST00000510617 2592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SLC43A2-201ENST00000301335 8136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 LFNG-204ENST00000402045 2058 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SHISA2-201ENST00000319420 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 FAM118B-210ENST00000627851 1862 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.9 ms