Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 KISS1-202ENST00000625357 435 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 OSBP2-209ENST00000438716 2747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 KIF1BP-214ENST00000638119 2537 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SLC4A3-202ENST00000317151 4069 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 GRN-201ENST00000053867 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 WDR81-202ENST00000409644 6733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 H6PD-201ENST00000377403 9146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TGFB1I1-202ENST00000394858 1803 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 NEK7-202ENST00000367385 4149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 RPS9-205ENST00000402367 1617 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 KRT8P22-201ENST00000562317 1415 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 PAK4-205ENST00000593690 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC009961.1-203ENST00000607836 2520 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC007743.1-201ENST00000596663 3075 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 RNF32-202ENST00000317955 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 THEMIS2-203ENST00000373925 1650 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TMEM40-202ENST00000314124 2308 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC005885.1-204ENST00000637885 2885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TRIM50-202ENST00000453152 1599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TCEAL4-209ENST00000472745 1571 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 KRT77-201ENST00000341809 3305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 CD209-207ENST00000593660 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 FAM86B1-216ENST00000533852 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 RER1-203ENST00000378513 3000 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 PXN-207ENST00000536957 4112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 HNRNPA1P48-201ENST00000562726 1377 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 DPP6-205ENST00000427557 2388 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 HIST3H2A-201ENST00000366695 895 ntAPPRIS P1 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 ZNF707-203ENST00000442058 562 ntTSL 4 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC140481.1-201ENST00000448777 706 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC004066.1-201ENST00000502488 802 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 LINC02298-201ENST00000546968 965 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC004477.1-202ENST00000584428 539 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC027575.2-201ENST00000585258 1295 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC133539.2-201ENST00000604757 467 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AL031056.2-201ENST00000637957 1217 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 PEX11B-201ENST00000369306 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 NFAM1-201ENST00000329021 5602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 CYP4F22-201ENST00000269703 2641 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 PRPF3-201ENST00000324862 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 KATNA1-203ENST00000367411 1984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AL157414.3-201ENST00000624276 1954 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 DIRAS2-201ENST00000375765 4386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SSFA2-205ENST00000431877 5150 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 DARS-AS1-209ENST00000594219 1420 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 PDE8B-202ENST00000333194 2572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 RGR-201ENST00000358110 1349 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC17.71■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 CYTH2-214ENST00000641098 2721 ntAPPRIS ALT1 BASIC17.71■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 STOML1-204ENST00000541638 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 MAP3K10-201ENST00000253055 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 TJP1-201ENST00000346128 7950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 PCYOX1-201ENST00000264441 2959 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 IL1RN-203ENST00000361779 1922 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 NORAD-201ENST00000565493 5339 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 UBE2J1-201ENST00000435041 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 NEO1-202ENST00000339362 7342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 CIAPIN1-201ENST00000394391 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 FOXRED1-213ENST00000532125 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 SURF6-201ENST00000372022 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 ZSWIM8-AS1-201ENST00000456638 1460 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 TRIM46-203ENST00000368383 2666 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 GHRLOS-201ENST00000439539 1708 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 PPP1R16B-201ENST00000299824 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 CCR7-203ENST00000579344 1874 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 SIN3B-201ENST00000248054 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 ANKRD26P3-201ENST00000454044 2748 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 SOCS2P1-201ENST00000417727 557 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 HBS1L-208ENST00000525067 582 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 AC006064.3-201ENST00000537921 477 ntTSL 4 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 LINC01089-209ENST00000542933 1220 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 C17orf49-209ENST00000552775 779 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 HAUS2-207ENST00000568846 709 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 AP005482.2-201ENST00000587889 310 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS54Q9P1Q0 INO80C-210ENST00000590757 595 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43 ms