Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 BBS1-202ENST00000393994 1790 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 RNF220-203ENST00000361799 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 RNF220-204ENST00000372247 3010 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 CXCL12-201ENST00000343575 1857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 NAP1L1-202ENST00000393263 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 ZDHHC8-203ENST00000405930 3112 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 AMPD2-219ENST00000528667 3134 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 NCAPH2-201ENST00000299821 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 SMARCA4-207ENST00000541122 5139 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 SETD6-203ENST00000394266 3423 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 Z99774.1-201ENST00000382641 2613 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 MICAL1-202ENST00000358807 3645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 SLC4A8-205ENST00000535225 2262 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 LCOR-202ENST00000356016 4834 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 CAB39-201ENST00000258418 3826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 RPS15P9-201ENST00000494093 319 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 HDHD3-201ENST00000238379 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 ZFY-201ENST00000155093 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 TRMT10B-202ENST00000377753 2027 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 ZFP1-209ENST00000570010 1457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 FUT8-202ENST00000358307 2664 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 CRELD1-202ENST00000383811 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 ADARB2-203ENST00000381312 8421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 MFSD2B-201ENST00000338315 2850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 ELMSAN1-201ENST00000286523 8091 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 SIRT5-203ENST00000379262 2339 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 CSNK1D-202ENST00000314028 3712 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 MSI2-202ENST00000322684 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 GULP1-207ENST00000409843 2643 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 TTK-201ENST00000230510 3477 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 GNG12-AS1-201ENST00000413628 2058 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 LANCL2-201ENST00000254770 4353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 SLC26A6-213ENST00000455886 2460 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 SNCAIP-203ENST00000379538 2588 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 ZFR2-201ENST00000262961 4756 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 APBB1-203ENST00000389906 2684 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 PLTP-201ENST00000354050 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 HNRNPDL-208ENST00000621267 4139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 OFD1-202ENST00000380550 3296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 TRAK1-208ENST00000484786 2008 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 SLC35G1-201ENST00000371408 3490 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 RCL1-204ENST00000381750 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 IRF4-201ENST00000380956 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 DEF8-210ENST00000563594 4450 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 C7orf65-201ENST00000408988 2911 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 RAB40A-202ENST00000372633 3126 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 TMPRSS12-202ENST00000551456 3336 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 AC061975.2-201ENST00000581722 295 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 GFRA2-208ENST00000524240 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 ADK-205ENST00000539909 1866 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 MKS1-201ENST00000313863 2091 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 SLC35E2-202ENST00000355439 2078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 UGP2-207ENST00000467648 2057 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 SLC25A26-202ENST00000354883 2673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 CCHCR1-203ENST00000396268 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 PLAGL1-201ENST00000354765 3663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 LRRC8D-201ENST00000337338 3950 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 NRIP3-201ENST00000309166 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 TNFRSF11A-205ENST00000616710 3809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 RREB1-204ENST00000379938 8778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 AC020915.4-201ENST00000597230 2708 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 TBCE-207ENST00000543662 2117 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 ABCB9-216ENST00000542678 6051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 RPS6KL1-201ENST00000354625 5195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 TJP2-208ENST00000535702 3984 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 GNAQ-201ENST00000286548 6539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 PSME3-203ENST00000541124 3366 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 FGF12-207ENST00000454309 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 TAB2-208ENST00000636456 3092 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 UBR3-201ENST00000272793 8005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 TFEB-205ENST00000394283 2595 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 WDR59-201ENST00000262144 5898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 NTRK2-205ENST00000376208 8178 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHOX2O60902 LAP3-210ENST00000606142 1876 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.7 ms