Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 NUTM2D-202ENST00000412718 5543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC023024.1-201ENST00000558838 2590 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 SPAG9-222ENST00000618113 8246 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 RPS28-203ENST00000600659 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 YPEL1-201ENST00000339468 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 NFATC4-210ENST00000554050 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 BMP7-201ENST00000395863 4013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 TAF6-209ENST00000452041 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 FOXI2-201ENST00000388920 3217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 SLC26A1-202ENST00000398516 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 SUSD4-204ENST00000366878 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 SHH-201ENST00000297261 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 CAMKK2-201ENST00000324774 5598 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 DNAJC5-201ENST00000360864 5213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 CENPT-202ENST00000440851 2200 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 PRKAG3-206ENST00000529249 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC019103.1-201ENST00000503095 272 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AP006621.2-201ENST00000533938 284 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 LITAF-218ENST00000576036 603 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC015688.8-201ENST00000577746 656 ntTSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC025181.2-201ENST00000606994 802 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 EBAG9-209ENST00000614147 1179 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 ZBTB7C-213ENST00000588982 4949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00996-201ENST00000477392 2043 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 TBC1D16-209ENST00000576768 6342 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC68-204ENST00000591504 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 PAK6-203ENST00000542403 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 NTRK2-201ENST00000277120 8633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 HIC2-202ENST00000407598 4734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 C11orf71-202ENST00000623205 1980 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.21■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 GTF3C5-204ENST00000372108 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 MC1R-202ENST00000555147 3099 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 PGBD5-201ENST00000391860 10961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 GTF2H1-203ENST00000453096 2707 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 ERCC1-201ENST00000013807 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 CCL25-203ENST00000390669 924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 METTL21A-209ENST00000448823 869 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 RN7SL399P-201ENST00000471648 279 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 AC055876.2-201ENST00000531834 546 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 AP001033.1-201ENST00000584509 466 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 SAMD4A-204ENST00000554335 3003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 TOB1-202ENST00000499247 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 ST7L-202ENST00000358039 4528 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 PPHLN1-201ENST00000256678 1820 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 CD2BP2-203ENST00000569466 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 TBC1D3P5-202ENST00000581469 2513 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF365-205ENST00000395254 4173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 AL035460.1-201ENST00000380593 1866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 EPB41L3-206ENST00000544123 3972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 EGLN3-201ENST00000250457 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD14B-201ENST00000375344 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 WDTC1-202ENST00000361771 4275 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 CLK3P2-201ENST00000427566 1453 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 AC007541.1-201ENST00000570282 1469 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 RAI14-202ENST00000428746 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 GFAP-225ENST00000638281 2099 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF628-203ENST00000598519 3847 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 SIGLEC8-203ENST00000430817 1528 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 HSD17B6-206ENST00000555159 1525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 ASB10-201ENST00000275838 1820 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 POLL-217ENST00000628479 1953 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 AC004834.1-201ENST00000640784 2412 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 OR4D1-202ENST00000641449 4925 ntAPPRIS P1 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 NRCAM-217ENST00000613830 3025 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 WASHC2A-202ENST00000314664 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 MRPS6-201ENST00000399312 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 DFFBP1-201ENST00000433250 979 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 VCX3B-204ENST00000453306 868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 PFN2-205ENST00000461868 613 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SYNE3Q6ZMZ3 AC147067.1-201ENST00000466692 579 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.1 ms