Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 BRD2-202ENST00000374831 4807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIG1P18858 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIG1P18858 PDE6G-204ENST00000573076 1505 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIG1P18858 LINC00839-202ENST00000429940 2253 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIG1P18858 SLC1A7-206ENST00000620347 2873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIG1P18858 SIX5-204ENST00000622857 1401 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIG1P18858 BCKDHA-201ENST00000269980 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIG1P18858 SHANK2-204ENST00000409530 2123 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIG1P18858 WDR25-204ENST00000554175 2055 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIG1P18858 CHRNA7-217ENST00000636603 2012 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIG1P18858 RAB37-206ENST00000392615 2655 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 TELO2-201ENST00000262319 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 PWWP2A-201ENST00000307063 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 HRAS-202ENST00000397594 1099 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AL365255.1-202ENST00000413887 363 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 MUSTN1-201ENST00000446157 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AL583722.3-202ENST00000554954 486 ntTSL 4 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AL589739.1-201ENST00000607720 493 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 TGFB1I1-203ENST00000394863 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 TMCO3-202ENST00000434316 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 GTF2H2C-210ENST00000510979 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 PDIA4-201ENST00000286091 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 FAM208A-201ENST00000355628 5239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 STRN3-201ENST00000355683 3970 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 MARCH2-208ENST00000602117 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 DUS4L-201ENST00000265720 2220 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 PDE1B-207ENST00000550620 2150 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AMT-224ENST00000635808 1610 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 RCL1-204ENST00000381750 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 GREM1-202ENST00000560830 2648 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIG1P18858 NUDT16-203ENST00000537561 5943 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 PCDHA7-201ENST00000356878 2922 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 FSIP1-201ENST00000350221 2805 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 ARHGEF5-201ENST00000056217 5544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 RNF183-201ENST00000297894 1830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 ALG12-201ENST00000330817 5350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 HVCN1-202ENST00000356742 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 ROBO1-209ENST00000495273 5600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 SLC32A1-201ENST00000217420 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 PAGE5-201ENST00000289619 741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC093423.3-201ENST00000370453 654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CXCL12-206ENST00000395795 404 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 HTR3E-202ENST00000415389 2139 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 SNHG17-203ENST00000417578 880 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC124057.1-201ENST00000433035 404 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 BANF1P1-201ENST00000553684 263 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC016168.1-201ENST00000591422 722 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 OR4C6-202ENST00000641251 1058 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 NBEAL2-205ENST00000450053 8827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 OPCML-IT1-201ENST00000533859 2936 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CGGBP1-201ENST00000309534 4495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 POLR1D-207ENST00000621089 1606 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CCDC127-201ENST00000296824 9342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC009053.1-204ENST00000429810 2355 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CEACAM19-202ENST00000403660 1982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC084364.1-201ENST00000551967 1556 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 SHROOM4-201ENST00000289292 6261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 PIK3R1-211ENST00000521381 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 ARHGAP4-202ENST00000370016 3095 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 PAX8-AS1-204ENST00000436293 2687 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 MVB12B-206ENST00000489637 2666 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 DNAJB1-201ENST00000254322 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CCDC116-201ENST00000292779 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 GTF3C4-201ENST00000372146 9043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 TJP3-202ENST00000541714 3350 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CHFR-204ENST00000443047 2990 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 RAPSN-202ENST00000352508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 COL5A1-208ENST00000618395 8437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 FOXRED1-213ENST00000532125 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIG1P18858 DDX50-206ENST00000610822 2510 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC027601.1-201ENST00000575922 4506 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 RNF222-202ENST00000399398 3062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 SLC25A4-201ENST00000281456 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 SIK1-201ENST00000270162 4712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 NF2-210ENST00000413209 4733 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CU639417.2-201ENST00000613488 4705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 IDH2-201ENST00000330062 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 PCDHA10-201ENST00000307360 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 STK40-204ENST00000373132 3621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.7 ms