Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 AC003006.1-202ENST00000594684 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC138696.2-201ENST00000607376 223 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AP000322.3-201ENST00000608665 388 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AL603764.1-201ENST00000636452 321 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 RANBP1-208ENST00000430524 1389 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 BFSP2-201ENST00000302334 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 CRLF2-201ENST00000381566 1545 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 GNB2-202ENST00000393924 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 TARBP2-202ENST00000394357 1402 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC034231.1-201ENST00000507251 537 ntTSL 4 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC005865.1-202ENST00000543036 641 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 RPL18-205ENST00000549273 1036 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 SLC25A3-216ENST00000551917 1359 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 MUC1-226ENST00000614519 1093 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 APOPT1-201ENST00000409074 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 ATP5A1-201ENST00000282050 1945 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 IL2RG-203ENST00000374202 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 BX005266.2-201ENST00000450704 1549 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 NCF4-201ENST00000248899 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 EIF4E2-205ENST00000409394 604 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 PGAM1P11-201ENST00000416729 680 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC008440.1-201ENST00000455835 439 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC022616.1-201ENST00000518688 554 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC012174.1-201ENST00000562349 714 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 GDF5-201ENST00000374369 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC009237.3-202ENST00000608013 3042 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 PIGT-201ENST00000279035 1880 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 GRAMD2B-217ENST00000515200 3109 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 VAMP2-202ENST00000404970 1479 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 FAM174B-201ENST00000327355 2792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 TEX33-201ENST00000381821 978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AKT3-IT1-201ENST00000417120 517 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 HOXC-AS3-203ENST00000514702 368 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 MAX-211ENST00000555667 574 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 PEX5-206ENST00000434354 2253 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 CENPK-202ENST00000396679 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 LCN6-201ENST00000341206 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 BUD23-204ENST00000423497 1219 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 LINC00431-201ENST00000440735 1189 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC022274.1-201ENST00000467082 490 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 DMKN-229ENST00000467637 827 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 PRR7-AS1-204ENST00000514846 543 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AL160191.2-201ENST00000603975 601 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC026786.1-201ENST00000540096 1374 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 KLK4-201ENST00000324041 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 PEF1-201ENST00000373703 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 FAM25A-201ENST00000343959 345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AL935212.1-201ENST00000377548 906 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC226150.1-201ENST00000544259 466 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 HNRNPA1P16-201ENST00000575692 955 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 TGFB1I1-203ENST00000394863 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 MOGAT2-201ENST00000198801 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 NFIX-210ENST00000588228 1692 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 API5-208ENST00000531273 1868 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 CALR3-201ENST00000269881 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 ECHDC2-201ENST00000358358 1126 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 OR10N1P-201ENST00000392758 869 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 MAATS1-203ENST00000463700 939 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC091588.3-201ENST00000583442 770 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 UBE2L5P-202ENST00000635918 1513 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 DHRS7-209ENST00000557185 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.3 ms