Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 MRPS23-202ENST00000578444 580 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC005391.1-201ENST00000613285 341 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 NOP16-209ENST00000618911 1087 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AL645728.2-202ENST00000641679 227 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 IQCF3-205ENST00000456080 1685 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 MEOX1-202ENST00000329168 2129 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 GJB6-202ENST00000356192 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 KRT85-201ENST00000257901 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 INPP4A-202ENST00000409016 9996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 GUCD1-206ENST00000435822 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 USP43-201ENST00000285199 4169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 NUMBL-201ENST00000252891 3561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 MFSD14B-201ENST00000375344 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AGAP7P-201ENST00000582299 2062 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AGAP14-201ENST00000624701 2060 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 LHCGR-202ENST00000401907 1477 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 ALDH3B2-201ENST00000349015 2649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 CLCN2-202ENST00000344937 3187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 DGKI-201ENST00000288490 3895 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 MROH4P-201ENST00000431302 1578 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SNCA-205ENST00000394991 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC134915.1-201ENST00000426461 574 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 FYCO1-203ENST00000438446 1072 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 ZNF7-206ENST00000528130 1134 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 LINC01515-215ENST00000608678 854 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 LINC01663-201ENST00000614596 535 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 OR4C6-202ENST00000641251 1058 ntAPPRIS P1 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SH3BP4-203ENST00000409212 5231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 LINC01565-201ENST00000356020 2697 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 CAMK2D-211ENST00000511664 2210 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TBX10-201ENST00000335385 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 LEKR1-209ENST00000491763 1940 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 PLA1A-201ENST00000273371 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 LINC00528-201ENST00000600723 2160 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 IPPK-201ENST00000287996 4401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 CNOT8-201ENST00000285896 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 PSMD2-201ENST00000310118 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 MAX-204ENST00000358402 1973 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 CLCN7-202ENST00000382745 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 GARS-201ENST00000389266 2634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 NIPAL4-201ENST00000311946 3274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 BEND4-202ENST00000504360 8692 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TMEM91-202ENST00000356385 944 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC12-201ENST00000372663 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 VAMP1-202ENST00000396308 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 C1QBPP1-201ENST00000400117 770 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC104457.1-201ENST00000401024 814 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 THPO-202ENST00000421442 1132 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 HHEX-203ENST00000492654 808 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC113383.1-201ENST00000514696 582 ntTSL 4 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SAMD11P1-201ENST00000571429 661 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 ALDH3B1-203ENST00000612297 1231 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 MBD1-222ENST00000590208 2913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 FAM208B-201ENST00000328090 8626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 KRT8-205ENST00000546897 1755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 KLK15-201ENST00000326856 1389 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 PLAGL1-208ENST00000437412 2640 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 MEGF10-206ENST00000508365 2365 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TNRC18P2-201ENST00000417666 2714 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 ENDOV-204ENST00000518137 2815 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 ASH2L-212ENST00000545394 2808 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 VEZF1-202ENST00000581208 2321 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 REXO1L2P-201ENST00000425429 2069 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 PTPRS-205ENST00000588012 5993 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 ATP6V1B1-202ENST00000412314 1805 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 PMP22-209ENST00000612492 1822 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TEN1-CDK3-202ENST00000569284 3287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SUSD4-204ENST00000366878 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 NRG1-202ENST00000356819 5931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 ALDH3A2-221ENST00000581518 2785 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 RNASE1-202ENST00000397967 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 LZTR1-201ENST00000215739 4572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 APBB1-217ENST00000608645 1925 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42 ms