Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 PEX11B-201ENST00000369306 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 COQ8B-202ENST00000324464 2443 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 AGTRAP-212ENST00000510878 849 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 NAPSB-201ENST00000525179 678 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 TALDO1-203ENST00000528097 1231 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 C15orf40-211ENST00000565712 559 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 PAX4-207ENST00000611453 1235 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 Z99756.1-201ENST00000458463 1951 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 BCL2L13-206ENST00000399782 1381 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 PPT1-215ENST00000641471 2368 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 B4GALT3-201ENST00000319769 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 ZNF208-205ENST00000601773 2027 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 TM4SF19-AS1-203ENST00000452051 1829 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 CYP46A4P-201ENST00000414953 267 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 AC092800.1-201ENST00000449492 579 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 SEPT7P2-209ENST00000450436 601 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 AP003065.1-201ENST00000540912 562 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 ERICH5-202ENST00000545282 596 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 PIGH-209ENST00000559581 1049 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 AC079336.7-201ENST00000623428 1078 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 PCBP2-OT1-201ENST00000634357 590 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 CYP27B1-201ENST00000228606 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 KRT71-201ENST00000267119 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 SLC22A23-210ENST00000490273 2043 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 SELENOS-201ENST00000398226 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 E2F3P2-201ENST00000447755 1422 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 GCNT7-201ENST00000243913 2064 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 PLPPR2-201ENST00000251473 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 MAGEA8-204ENST00000535454 2112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 ALPL-207ENST00000540617 2131 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 EHF-210ENST00000531794 1481 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 TMEM184C-204ENST00000508208 1528 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 ZNF32-AS3-201ENST00000458063 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 TXNRD3NB-202ENST00000383572 1131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 STX1A-202ENST00000395154 1022 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 AC007952.2-201ENST00000399091 1176 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 ADIG-204ENST00000537425 770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 ORAOV1-211ENST00000542341 775 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 AC138123.2-203ENST00000552451 653 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 PRKXP1-201ENST00000561423 1122 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 AC145343.1-201ENST00000579629 650 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 C1QTNF1-AS1-202ENST00000581579 865 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 RN7SL555P-201ENST00000584742 339 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 MEF2C-227ENST00000626391 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 MEF2C-231ENST00000628656 1254 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 Z98259.2-201ENST00000641583 609 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 GCK-203ENST00000395796 2539 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 FAM180B-201ENST00000538490 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 CPSF7-202ENST00000394888 3650 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 AP003680.1-201ENST00000598970 3660 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 SYBU-205ENST00000422135 3226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 ERCC1-203ENST00000340192 949 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 DPM3-202ENST00000368399 517 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 ARMC12-203ENST00000373869 1111 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 AIMP2-202ENST00000395236 860 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 FGF13-204ENST00000436198 1165 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 AC114501.1-201ENST00000445949 172 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 SPTLC1P5-201ENST00000450718 252 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 PENK-202ENST00000451791 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 IFITM1-204ENST00000528780 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 FGFR3P5-201ENST00000564496 886 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 AL136301.1-201ENST00000615830 422 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 AL137026.1-201ENST00000624407 503 ntTSL 4 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 LINC01669-205ENST00000624561 713 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 PLEKHB2-211ENST00000628582 1297 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 ATP6AP2-213ENST00000636251 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 C7orf33-201ENST00000307003 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 KRT8P29-201ENST00000420409 1371 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 SERPINE2-202ENST00000409304 2161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 PIGT-202ENST00000279036 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 CAMK2D-211ENST00000511664 2210 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
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