Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 LINC00996-201ENST00000477392 2043 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 CATSPER2P1-203ENST00000429276 1466 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 EEPD1-205ENST00000534978 2769 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 THEMIS2-203ENST00000373925 1650 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 CASQ1-201ENST00000368078 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AHCYP2-201ENST00000430630 1300 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 FLJ42969-201ENST00000514926 1948 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 ADAM15-208ENST00000447332 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 EFR3B-203ENST00000402191 3685 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 ASIC1-201ENST00000228468 4072 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 USP37-202ENST00000338465 1771 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 DPP9-210ENST00000597849 2025 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 PRSS54-201ENST00000219301 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 EPS8L2-218ENST00000530636 2469 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 CCDC140-201ENST00000295226 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 STAT1-202ENST00000392322 2716 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 LEF1-216ENST00000510624 1472 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 EMC4-201ENST00000249209 852 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 TRMT112-201ENST00000308774 561 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 UCK1-203ENST00000372211 2114 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 DBI-203ENST00000393103 599 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 C2orf15-202ENST00000409684 1058 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 POM121L8P-201ENST00000417732 1281 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AL592464.1-201ENST00000429389 429 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 POM121L9P-203ENST00000441984 1285 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 CENPM-208ENST00000472374 541 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 DSCR3-207ENST00000476950 937 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 SNHG12-210ENST00000483436 682 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AC090735.1-201ENST00000523881 488 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 LINC02279-201ENST00000553435 737 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 DUX4L47-201ENST00000566374 394 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 ELOF1-208ENST00000591912 899 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AC099795.1-202ENST00000640492 759 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 LARP4-219ENST00000614335 1949 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 SURF4-209ENST00000618229 3200 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 LRRC47-201ENST00000378251 4310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 RAB11FIP5-205ENST00000486777 6120 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 YTHDF1-202ENST00000370339 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 ATG10-203ENST00000458350 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 RNF183-201ENST00000297894 1830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 MPP1-204ENST00000393531 1389 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 PGR-210ENST00000619228 3038 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 SKOR1-201ENST00000341418 3332 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 FKBP6-204ENST00000431982 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 RDH10-201ENST00000240285 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 CDC25C-207ENST00000513970 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AC055811.4-201ENST00000624039 1754 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 DIXDC1-208ENST00000615255 4825 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 TBX10-201ENST00000335385 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 SFTA3-204ENST00000518529 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 CD79A-201ENST00000221972 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 PSMB6-201ENST00000270586 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 TPM3P8-201ENST00000330554 643 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 C15orf48-202ENST00000396650 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 MB-205ENST00000406324 582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 P3H2-AS1-201ENST00000412203 730 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AC007319.1-202ENST00000412276 829 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 CDRT15-201ENST00000420162 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 CDRT15-202ENST00000431716 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AC078785.1-201ENST00000496389 734 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AC023310.1-201ENST00000554836 735 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 GSTZ1-219ENST00000557639 873 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AC010491.1-202ENST00000567048 528 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 DYNLRB2-205ENST00000568035 409 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 YIF1B-215ENST00000592246 936 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 COPS9-205ENST00000607357 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 PSMB6-205ENST00000614486 871 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AL160412.1-202ENST00000616819 663 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 PPHLN1-201ENST00000256678 1820 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 ZNF568-203ENST00000427117 1827 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 CAMK2D-207ENST00000505990 1802 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 CUX1-213ENST00000549414 4452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 LBHD1-201ENST00000354588 1320 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 MLF1-216ENST00000618075 2116 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 HCRTR1-202ENST00000373706 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.7 ms