Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 C18orf21-208ENST00000618334 856 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG3P49916 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG3P49916 MROH1-207ENST00000528919 5234 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG3P49916 RNASEH2B-202ENST00000422660 4830 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG3P49916 RAB37-208ENST00000402449 1560 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG3P49916 DMPK-219ENST00000600757 3357 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG3P49916 FBXL19-204ENST00000471231 3641 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG3P49916 AC013726.1-201ENST00000563747 2285 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG3P49916 LATS2-201ENST00000382592 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG3P49916 TSPAN12-201ENST00000222747 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG3P49916 CHD4-201ENST00000357008 6496 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG3P49916 CDS2-203ENST00000460006 9298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG3P49916 AC148477.2-201ENST00000537762 3039 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 KLHL25-201ENST00000337975 3758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 SLC38A5-212ENST00000619100 2100 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 SLC38A5-214ENST00000622196 2100 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 SPRY4-202ENST00000434127 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 ABCC5-203ENST00000382494 1923 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 TIE1-201ENST00000372476 3882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 NUP93-201ENST00000308159 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 SHF-202ENST00000458022 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 RNA5SP410-201ENST00000516285 106 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 TCP11L1-201ENST00000334274 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 COL11A2-201ENST00000341947 6425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 BFSP2-201ENST00000302334 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 GTF2I-212ENST00000573035 4548 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 HSDL1-201ENST00000219439 3519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 ACER2-201ENST00000340967 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 LMBRD1-202ENST00000370577 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG3P49916 GRIN2C-201ENST00000293190 4261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 SACM1L-201ENST00000389061 3723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 KCNT1-209ENST00000490355 3708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 IFNAR2-202ENST00000342136 2899 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 PTPRN-201ENST00000295718 3784 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 FOSL2-201ENST00000264716 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 PTPRO-201ENST00000281171 5301 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 MSMO1-202ENST00000393766 1789 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 LINC00391-201ENST00000433569 1844 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 AUTS2-217ENST00000611706 4583 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 E2F6-211ENST00000542100 3450 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 GORASP2-201ENST00000234160 3173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 AL732437.1-201ENST00000442008 595 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 CERKL-206ENST00000410087 3208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 GRB7-203ENST00000394209 1955 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 SLC38A10-202ENST00000374759 4300 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 NFIX-210ENST00000588228 1692 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 SAFB2-201ENST00000252542 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 SOCS2-205ENST00000548537 3733 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 COL6A4P2-202ENST00000504443 2753 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 DUSP28-202ENST00000405954 3461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 AMHR2-202ENST00000379791 1437 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 ADCY7-208ENST00000566433 2535 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 CD6-201ENST00000313421 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG3P49916 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIG3P49916 SV2A-201ENST00000369145 2903 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIG3P49916 NRDC-201ENST00000352171 3691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIG3P49916 SLC22A7-202ENST00000372585 2555 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIG3P49916 OSMR-201ENST00000274276 5539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIG3P49916 NRAS-201ENST00000369535 4449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIG3P49916 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIG3P49916 FAM156A-206ENST00000612915 2233 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIG3P49916 MICAL3-206ENST00000441493 9445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIG3P49916 CRCP-203ENST00000395326 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIG3P49916 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIG3P49916 IL17RD-203ENST00000463523 2348 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.2 ms