Protein–RNA interactions for Protein: Q969G3

SMARCE1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1, humanhuman

Predictions only

Length 411 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCE1Q969G3 FAM49B-201ENST00000401979 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 CCNY-201ENST00000265375 4768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 AKAP7-204ENST00000431975 2954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 PATZ1-202ENST00000266269 3781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 SOGA3-201ENST00000465909 3756 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 TSC1-202ENST00000403810 1507 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 SIGLEC8-203ENST00000430817 1528 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 MEG9-201ENST00000429368 2638 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 STRA6-207ENST00000535552 2631 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 CCDC90B-213ENST00000529611 1986 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 MEGF11-203ENST00000409699 6163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 CHIA-201ENST00000343320 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 COMP-201ENST00000222271 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 AMBP-201ENST00000265132 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 ZMYND10-AS1-201ENST00000440013 250 ntTSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 UHRF1BP1-202ENST00000452449 4706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 RBM46-204ENST00000514866 2315 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 DUOXA1-210ENST00000559014 1965 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 CTSA-202ENST00000354880 1820 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 MAEL-201ENST00000367870 1831 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 COX6B2-201ENST00000326529 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 CELF4-223ENST00000603232 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 HOXB4-201ENST00000332503 3757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 XKR5-201ENST00000618742 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 CNOT9-208ENST00000542068 3259 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 HNRNPU-226ENST00000640218 6858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 KDM3A-203ENST00000409556 4928 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 PRRT2-207ENST00000572820 2403 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 SLC38A10-202ENST00000374759 4300 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 WASHC2A-202ENST00000314664 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 SYBU-206ENST00000424158 3007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 NAALADL1-207ENST00000526799 959 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 SNX11-202ENST00000393405 2733 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 BBS1-225ENST00000630659 1934 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 BRF1-211ENST00000547530 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 ALDOA-225ENST00000569545 1359 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 CA10-201ENST00000285273 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 PCDHA9-202ENST00000532602 6293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 DCAKD-201ENST00000310604 2122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 R3HDM2P2-201ENST00000401880 2116 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 FGR-202ENST00000374004 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 KCNMA1-202ENST00000286628 6233 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 FAM110C-201ENST00000327669 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 CEACAM19-202ENST00000403660 1982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 KIF1A-201ENST00000320389 8832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 KCNT1-211ENST00000491806 3678 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 GABARAPL1-218ENST00000546017 2294 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 NDUFS8-201ENST00000313468 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 RCL1-204ENST00000381750 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 AL133481.1-201ENST00000438554 511 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 TAF1C-216ENST00000566732 2972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 FGD5P1-202ENST00000614866 2498 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 PPM1F-201ENST00000263212 5143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 CACNA2D3-202ENST00000415676 3661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 WASH3P-207ENST00000560956 1394 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
SMARCE1Q969G3 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms