Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AC087294.1-202ENST00000439136 487 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 EVX1-AS-202ENST00000519050 576 ntTSL 4 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AC009686.1-201ENST00000522494 364 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ZNF7-207ENST00000528372 2905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ZNF143-213ENST00000530463 2022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AP000439.3-201ENST00000545202 2376 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 WASH4P-201ENST00000564273 1246 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AC087294.1-201ENST00000580291 1152 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AC008494.3-201ENST00000606615 944 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AC093726.1-201ENST00000608064 963 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 LENG8-209ENST00000616932 2825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 NR4A3-204ENST00000618101 5706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 GPR39-203ENST00000622084 900 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 PM20D2-201ENST00000275072 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 CCDC85A-201ENST00000407595 3982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 NFATC4-210ENST00000554050 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ZNF19-208ENST00000565637 2612 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 COL2A1-202ENST00000380518 5071 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 MECR-202ENST00000373791 2416 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 KSR1-216ENST00000582410 2392 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 PACSIN2-204ENST00000403744 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 CCDC90B-213ENST00000529611 1986 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 TFAP2B-202ENST00000393655 5773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 CEP70-213ENST00000489254 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 PIKFYVE-202ENST00000308862 1640 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 MAP4-202ENST00000360240 5142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AL353779.1-201ENST00000434793 351 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AC106772.1-201ENST00000506629 591 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 LINC02242-201ENST00000507298 641 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 LYSMD2-204ENST00000560491 1026 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AC138761.1-201ENST00000584393 385 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 RASA1-201ENST00000274376 3752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 TCP1-201ENST00000321394 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ACTL7B-201ENST00000374667 2379 ntAPPRIS P1 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AL359258.3-201ENST00000622910 2331 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 TSC2-202ENST00000350773 5532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 PBX1-219ENST00000560641 3225 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 IL9R-201ENST00000244174 1944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 DRC3-202ENST00000399182 1923 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 NAA30-204ENST00000556492 7644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 HNF1A-211ENST00000543427 2819 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ATP2A3-205ENST00000397041 4675 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 RGPD8-201ENST00000302558 5576 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 GTF2H1-203ENST00000453096 2707 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 HMBOX1-212ENST00000558662 1765 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 UGT3A1-204ENST00000507113 1650 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AC010642.2-201ENST00000634676 2413 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 TCF25-202ENST00000263347 2377 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ZBTB37-203ENST00000367704 2323 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 KRT9-202ENST00000588431 1493 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 HIST1H2AC-203ENST00000602637 1462 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AL391825.1-201ENST00000457671 1364 ntBASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 MTFMT-201ENST00000220058 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 IDH3G-212ENST00000619865 1339 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 PDLIM5-202ENST00000318007 1960 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 MRPL55-215ENST00000366742 630 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 S100A16-202ENST00000368704 1146 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC073283.1-201ENST00000421759 860 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 GALT-202ENST00000450095 1280 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 SELENOT-203ENST00000477889 944 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC008758.5-201ENST00000595562 617 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC243829.4-204ENST00000616926 1115 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AL390038.1-201ENST00000419814 2481 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AL359258.1-201ENST00000438965 2481 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AL354813.1-201ENST00000526566 2437 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 THUMPD3-210ENST00000515662 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 KRT71-201ENST00000267119 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 IFRD1-202ENST00000403825 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CYB561D1-205ENST00000430195 5077 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 PTCH1-201ENST00000331920 8057 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 TUBBP5-201ENST00000290377 1563 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 SHOX2-202ENST00000425436 1513 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CYP27B1-201ENST00000228606 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 PKD2L2-205ENST00000508638 2333 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 92.8 ms