Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 TBC1D3G-201ENST00000569055 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 TBC1D3H-201ENST00000610350 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 TBC1D3L-202ENST00000617678 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 ASAP1-202ENST00000518721 5507 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 WASH3P-207ENST00000560956 1394 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 VAC14-202ENST00000536184 2161 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 MRPS17-201ENST00000285298 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 MINDY4-201ENST00000265299 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 SLC44A3-206ENST00000527077 1943 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 VWF-201ENST00000261405 8838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 LRRFIP1-204ENST00000392000 3365 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 GAP43-201ENST00000305124 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 C17orf74-201ENST00000333870 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 TIMP2-201ENST00000262768 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 NYNRIN-201ENST00000382554 7857 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 MBD1-203ENST00000339998 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 THUMPD3-210ENST00000515662 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 STARD8-202ENST00000374597 4820 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 UBE2D1-201ENST00000373910 2659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 BX640514.1-201ENST00000583223 1918 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF7-201ENST00000218789 5233 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 LIM2-201ENST00000221973 983 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AC020978.5-201ENST00000564147 533 ntTSL 4 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 GSTO2-203ENST00000450629 1391 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AFAP1L1-205ENST00000515000 2319 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AL928921.2-201ENST00000641325 2442 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 GGT1-202ENST00000400380 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 ADAM15-206ENST00000368412 2804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 MARS-201ENST00000262027 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 MCM7-202ENST00000343023 1968 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 MAGEA8-205ENST00000542674 2084 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 CCNB1-201ENST00000256442 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 ECE1-201ENST00000264205 2381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 PRKAG2-215ENST00000492843 2699 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 SLC19A2-201ENST00000236137 3671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 CAAP1-206ENST00000625311 1532 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 POLR2E-211ENST00000612655 1749 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 REC8-209ENST00000611366 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 SPAG9-201ENST00000262013 8273 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 MEGF11-204ENST00000422354 5914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 UBE4B-201ENST00000253251 4772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 OR10AC1-201ENST00000439431 2898 ntAPPRIS P1 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 WDR27-201ENST00000423258 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 SYP-207ENST00000479808 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 PRODH2-201ENST00000301175 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 NFU1-201ENST00000303698 1034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 PAM16-215ENST00000577031 548 ntTSL 4 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms