Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 GTF3C5-204ENST00000372108 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN9AQ15858 UQCRQ-203ENST00000378670 839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN9AQ15858 AL357558.1-201ENST00000416646 456 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN9AQ15858 RBM4B-202ENST00000524637 867 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN9AQ15858 AC117500.3-201ENST00000537032 666 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN9AQ15858 COMMD4-211ENST00000564815 639 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN9AQ15858 SNORD3B-2-202ENST00000571722 791 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN9AQ15858 MIR4754-201ENST00000582477 89 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN9AQ15858 AL132994.2-201ENST00000603120 687 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN9AQ15858 CCDC144B-202ENST00000445752 2197 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN9AQ15858 TSC1-202ENST00000403810 1507 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN9AQ15858 TMEM40-204ENST00000435218 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN9AQ15858 ZNF786-202ENST00000491431 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN9AQ15858 LINC00680-205ENST00000450081 1593 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
SCN9AQ15858 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
SCN9AQ15858 SLCO6A1-207ENST00000513675 1611 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.5
SCN9AQ15858 TPD52L2-201ENST00000217121 2362 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 ESRRB-207ENST00000556177 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 TMEM51-204ENST00000428417 1942 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 SLC13A5-208ENST00000573648 1723 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 SPDYE4-201ENST00000328794 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 LINC00322-201ENST00000450205 699 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 TUBB8P8-201ENST00000458717 1058 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 RTN3P1-201ENST00000536295 711 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 LINC01475-201ENST00000548010 766 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 AC145343.1-201ENST00000579629 650 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 AC008133.1-201ENST00000584688 557 ntTSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 WDR7-208ENST00000589935 544 ntTSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 DNAJC17-212ENST00000627802 428 ntTSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 RPN1-201ENST00000296255 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 NFE2-203ENST00000540264 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 AMOTL2-211ENST00000513145 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 GCNT7-201ENST00000243913 2064 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 TMEM184C-204ENST00000508208 1528 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 TMSB10-201ENST00000233143 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 ANK1-203ENST00000314214 1185 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 ANKDD1A-203ENST00000395723 1250 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 AC131097.2-203ENST00000401641 507 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 SERF2-209ENST00000409646 559 ntTSL 4 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 KRT18P36-201ENST00000411618 1276 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 AC131097.3-203ENST00000420272 1193 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 MAX-211ENST00000555667 574 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 NPM1P43-201ENST00000558669 786 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 DUX4L46-201ENST00000566845 751 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 AC138894.2-201ENST00000602838 371 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 AC012044.1-201ENST00000603431 297 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 AL157813.1-201ENST00000612996 587 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 NR2E3-202ENST00000617575 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 CRISPLD2-203ENST00000564567 1651 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 OXA1L-201ENST00000285848 1719 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 BRMS1-201ENST00000359957 1445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 MEG9-201ENST00000429368 2638 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 AL137783.1-201ENST00000623494 1896 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 ACSF2-202ENST00000427954 2251 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 PGAP2-205ENST00000396993 1566 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 MLLT3-210ENST00000630269 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 COPS3-201ENST00000268717 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 GFAP-225ENST00000638281 2099 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 CELA3B-201ENST00000337107 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 AL021707.5-201ENST00000420118 461 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 AL353770.1-201ENST00000614915 403 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 AL031665.1-201ENST00000619766 572 ntTSL 4 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 MBD3L2B-201ENST00000636986 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 CPA5-202ENST00000431780 1803 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 CFAP36-201ENST00000339012 1373 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 ST3GAL6-214ENST00000483910 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 LEKR1-209ENST00000491763 1940 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 FAM45A-201ENST00000361432 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 USH1C-202ENST00000318024 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 SLC2A6-201ENST00000371897 2301 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 TRPC4AP-202ENST00000451813 3138 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 AL627389.1-201ENST00000413508 1182 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 LYRM4-206ENST00000468929 1168 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 HOXA10-AS-202ENST00000519935 1161 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 ANKRD11-208ENST00000563291 593 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 MLLT10-216ENST00000621220 381 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 DNASE1L2-204ENST00000567494 1301 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 CD55-204ENST00000367064 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 PRMT1-217ENST00000532489 1686 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 MMADHC-203ENST00000428879 1726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 HNRNPR-212ENST00000606561 1837 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SCN9AQ15858 ING1-203ENST00000375774 2870 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
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