Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 GLIS3-AS1-201ENST00000451340 734 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AP001160.1-201ENST00000535817 565 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 NR2C2AP-207ENST00000544883 899 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 ERVK13-1-204ENST00000566343 567 ntTSL 4 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 IMPA2-207ENST00000588927 787 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AC009264.1-206ENST00000592183 534 ntTSL 4 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AC018755.3-203ENST00000597710 411 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 MIR6720-201ENST00000611664 98 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 IFI27-215ENST00000621160 644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 CCDC90B-203ENST00000525503 1919 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 GOLGA8S-201ENST00000562295 1878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 PNPLA5-202ENST00000381198 2000 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 ZNF333-209ENST00000601134 1392 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AC136759.1-203ENST00000527477 2196 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AC136759.1-202ENST00000530858 2194 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 TBX10-201ENST00000335385 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 GNB2-202ENST00000393924 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 HNRNPR-212ENST00000606561 1837 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 ACYP1-201ENST00000238618 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 BMP1-201ENST00000306349 2626 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 GAD1-201ENST00000344257 1029 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AC239868.1-201ENST00000369385 493 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 CITED1-202ENST00000373619 886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 THAP4-202ENST00000402136 785 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 PIK3IP1-202ENST00000402249 999 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 GOSR2-203ENST00000415811 2171 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 HCFC1-AS1-201ENST00000438219 350 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AC012441.2-201ENST00000444843 739 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 ZNF124-204ENST00000491356 956 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 TGIF1-218ENST00000551402 1089 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 HS3ST3A1-202ENST00000578576 750 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 FBXL12-202ENST00000585379 956 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 SNRPD2-206ENST00000588301 702 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 HIST2H2BB-202ENST00000609585 563 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 METTL17-221ENST00000556670 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 SYVN1-203ENST00000377190 3052 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CUX1P39880 ADAMTSL5-201ENST00000330475 2857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CUX1P39880 HENMT1-202ENST00000370032 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CUX1P39880 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AC025165.1-201ENST00000356672 2355 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CUX1P39880 NUP210P1-201ENST00000357061 876 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AL391361.3-201ENST00000420601 379 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CUX1P39880 TVP23C-205ENST00000518321 1080 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CUX1P39880 ACP7-202ENST00000594229 1149 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CUX1P39880 VCAN-204ENST00000502527 2087 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AC006449.5-201ENST00000610658 2098 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
CUX1P39880 CD83-201ENST00000379153 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CUX1P39880 POLL-204ENST00000370168 1536 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CUX1P39880 YTHDF3-215ENST00000621957 2387 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AL359258.3-201ENST00000622910 2331 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
CUX1P39880 OTUD6A-201ENST00000338352 1689 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AL022326.1-201ENST00000434516 1778 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 KLK6-201ENST00000310157 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 CRYBB1-201ENST00000215939 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 MSR1-201ENST00000262101 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 GTF3C5-204ENST00000372108 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 SAP30L-203ENST00000440364 792 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 IFITM1-204ENST00000528780 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 EIF1AD-211ENST00000533544 965 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AC026803.1-201ENST00000569130 274 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 NFIC-204ENST00000586919 1221 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 FP565260.6-204ENST00000620528 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 CYP4B1-202ENST00000371919 1494 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 MYADM-202ENST00000391768 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 MAEL-201ENST00000367870 1831 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AKR1A1-202ENST00000372070 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 SLC22A6-203ENST00000421062 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 CANT1-211ENST00000591773 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUX1P39880 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 IER3-201ENST00000259874 1244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 ZFAND2B-205ENST00000409319 771 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 RN7SL258P-201ENST00000478664 300 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AC133961.1-201ENST00000503085 762 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 IGHV3-37-201ENST00000518544 340 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 NAPSB-201ENST00000525179 678 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 CCDC86-203ENST00000545580 697 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 REC114-202ENST00000560581 833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 RPS15-202ENST00000585665 467 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.6 ms