Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS29Q9UBQ0 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS29Q9UBQ0 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS29Q9UBQ0 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS29Q9UBQ0 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS29Q9UBQ0 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS29Q9UBQ0 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS29Q9UBQ0 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS29Q9UBQ0 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS29Q9UBQ0 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS29Q9UBQ0 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.4 ms