Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN3AQ9NY46 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.3 ms