Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY35

CLDND1, Claudin domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 253 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDND1Q9NY35 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDND1Q9NY35 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDND1Q9NY35 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDND1Q9NY35 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDND1Q9NY35 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDND1Q9NY35 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDND1Q9NY35 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDND1Q9NY35 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLDND1Q9NY35 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLDND1Q9NY35 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLDND1Q9NY35 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLDND1Q9NY35 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLDND1Q9NY35 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLDND1Q9NY35 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLDND1Q9NY35 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLDND1Q9NY35 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CLDND1Q9NY35 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CLDND1Q9NY35 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.9 ms