Protein–RNA interactions for Protein: Q8TE12

LMX1A, LIM homeobox transcription factor 1-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 382 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1AQ8TE12 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LMX1AQ8TE12 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
LMX1AQ8TE12 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
LMX1AQ8TE12 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LMX1AQ8TE12 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LMX1AQ8TE12 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LMX1AQ8TE12 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LMX1AQ8TE12 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
LMX1AQ8TE12 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
LMX1AQ8TE12 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LMX1AQ8TE12 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms