Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC20.52■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.87
SCN1BQ07699 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN1BQ07699 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.7 ms