Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMS1P48059 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMS1P48059 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMS1P48059 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMS1P48059 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMS1P48059 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMS1P48059 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMS1P48059 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMS1P48059 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMS1P48059 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMS1P48059 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMS1P48059 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMS1P48059 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMS1P48059 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMS1P48059 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC21.3■■□□□ 1
LIMS1P48059 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMS1P48059 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMS1P48059 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMS1P48059 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMS1P48059 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMS1P48059 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMS1P48059 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMS1P48059 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMS1P48059 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMS1P48059 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMS1P48059 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMS1P48059 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMS1P48059 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMS1P48059 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMS1P48059 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMS1P48059 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMS1P48059 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMS1P48059 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMS1P48059 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC21.28■■□□□ 1
LIMS1P48059 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC21.28■■□□□ 1
LIMS1P48059 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMS1P48059 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMS1P48059 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMS1P48059 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMS1P48059 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMS1P48059 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMS1P48059 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMS1P48059 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMS1P48059 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMS1P48059 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC21.27■■□□□ 1
LIMS1P48059 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMS1P48059 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMS1P48059 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMS1P48059 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms