Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
SMARCA1P28370 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC26.76■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms