Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SNHG28P0DPA3 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
SNHG28P0DPA3 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SNHG28P0DPA3 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SNHG28P0DPA3 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SNHG28P0DPA3 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SNHG28P0DPA3 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.92
SNHG28P0DPA3 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.92
SNHG28P0DPA3 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC26.95■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
SNHG28P0DPA3 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms