Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VIMP08670 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VIMP08670 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VIMP08670 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VIMP08670 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VIMP08670 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
VIMP08670 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VIMP08670 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VIMP08670 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VIMP08670 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
VIMP08670 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VIMP08670 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VIMP08670 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VIMP08670 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VIMP08670 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VIMP08670 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VIMP08670 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VIMP08670 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VIMP08670 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VIMP08670 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VIMP08670 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VIMP08670 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VIMP08670 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VIMP08670 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VIMP08670 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VIMP08670 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VIMP08670 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VIMP08670 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VIMP08670 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VIMP08670 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VIMP08670 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VIMP08670 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VIMP08670 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VIMP08670 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VIMP08670 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VIMP08670 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VIMP08670 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VIMP08670 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VIMP08670 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VIMP08670 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VIMP08670 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VIMP08670 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VIMP08670 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VIMP08670 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VIMP08670 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VIMP08670 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VIMP08670 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VIMP08670 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VIMP08670 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VIMP08670 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VIMP08670 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VIMP08670 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
VIMP08670 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VIMP08670 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
VIMP08670 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VIMP08670 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VIMP08670 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VIMP08670 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VIMP08670 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VIMP08670 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VIMP08670 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VIMP08670 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VIMP08670 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VIMP08670 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VIMP08670 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
VIMP08670 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VIMP08670 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VIMP08670 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VIMP08670 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VIMP08670 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VIMP08670 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VIMP08670 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VIMP08670 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VIMP08670 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VIMP08670 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VIMP08670 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VIMP08670 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VIMP08670 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VIMP08670 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VIMP08670 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VIMP08670 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VIMP08670 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VIMP08670 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VIMP08670 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VIMP08670 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VIMP08670 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VIMP08670 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VIMP08670 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VIMP08670 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VIMP08670 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VIMP08670 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VIMP08670 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VIMP08670 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VIMP08670 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
VIMP08670 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VIMP08670 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VIMP08670 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VIMP08670 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
VIMP08670 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VIMP08670 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms