Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 NDRG4-247ENST00000568640 1281 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 PRPS1-204ENST00000372435 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 KCTD1-203ENST00000417602 1705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 CYP2R1-207ENST00000532378 1746 ntTSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 AP003680.1-201ENST00000598970 3660 ntBASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 CPA1-201ENST00000011292 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 ARNT2-204ENST00000527771 2458 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 POFUT2-214ENST00000615172 2472 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 UVSSA-206ENST00000507531 2597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 SHISA2-201ENST00000319420 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 AAMP-201ENST00000248450 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 CHRD-201ENST00000204604 3521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 SH3KBP1-205ENST00000397821 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF14-AS1-202ENST00000432521 3608 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 AC114490.1-201ENST00000417456 3163 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 GSG1L-203ENST00000447459 4916 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 ZNF586-203ENST00000396154 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 VSIR-201ENST00000394957 4689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 SEC14L4-204ENST00000381982 1603 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 NOX5-204ENST00000455873 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 ANKRD50-202ENST00000515641 4212 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 TLE3-215ENST00000559048 2918 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 COL26A1-201ENST00000313669 3033 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 CMTM6-201ENST00000205636 3863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 EPS8L2-218ENST00000530636 2469 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 ANKRD11-203ENST00000378330 9132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 LINC01565-201ENST00000356020 2697 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 PALLD-215ENST00000512127 2958 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 MRPL34-205ENST00000600434 793 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 PRKAG3-206ENST00000529249 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 AC015712.6-201ENST00000431060 5068 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 ACSM2B-207ENST00000565232 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 DHTKD1-201ENST00000263035 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 KDELC2-201ENST00000323468 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 CAST-224ENST00000508830 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 GNB1L-201ENST00000329517 6706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 PDPK1-201ENST00000268673 4728 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 AC008770.3-201ENST00000590798 1562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 DUSP11-201ENST00000272444 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 DDX59-206ENST00000447706 2900 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 STAT5A-211ENST00000590949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 CNTN2-201ENST00000331830 7999 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 AC138028.2-202ENST00000567968 4528 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 PPP2R5D-206ENST00000472118 2963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 CYB561D1-201ENST00000310611 5009 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC54Q8NEL0 NUP210-201ENST00000254508 7193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 DIAPH2-204ENST00000373054 3376 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 MAGI1-216ENST00000497477 3555 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 MSI2-206ENST00000579180 1635 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 ZNF286A-218ENST00000583566 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 SLC36A1-207ENST00000520701 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 MGME1-203ENST00000377710 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 NKIRAS1-201ENST00000388759 2335 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 BANP-203ENST00000393207 2438 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 GALNTL6-205ENST00000511251 2905 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 CRYBG2-201ENST00000308182 5245 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 CCDC180-210ENST00000529487 5242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 TRIM56-201ENST00000306085 10952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 EPS8L2-223ENST00000533256 3266 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 AC023024.1-201ENST00000558838 2590 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 ZFHX2-205ENST00000615307 1972 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 CMTM3-203ENST00000460097 1797 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 AC148477.4-201ENST00000613430 1793 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 DPYSL2-204ENST00000521913 4805 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 RAPSN-202ENST00000352508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC13.64□□□□□ -0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.8 ms