Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC020636.2-201ENST00000569170 1189 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 HIST2H2BB-202ENST00000609585 563 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SMIM22-211ENST00000615889 1047 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ETV4-211ENST00000591713 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ERP29-203ENST00000546477 1698 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 CD300A-205ENST00000577511 1459 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AGER-201ENST00000375055 1369 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 FBXO16-202ENST00000380254 1343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 CMTM5-203ENST00000359320 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 PCBP3-201ENST00000400304 1086 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AL391119.1-201ENST00000416563 271 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 PCBP3-208ENST00000449640 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 NME1-NME2-203ENST00000555572 1193 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 DNM1P51-201ENST00000558149 522 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC145343.1-201ENST00000579629 650 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SMIM24-203ENST00000587847 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 UBA52-208ENST00000596304 554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC005041.3-201ENST00000606287 649 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC244250.3-201ENST00000620749 366 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 PRPF31-201ENST00000321030 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ZNF79-204ENST00000617266 1969 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 NSUN5P1-203ENST00000422386 972 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 MPC1L-201ENST00000423387 571 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 LYPLA2P1-203ENST00000447689 696 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 PFN2-205ENST00000461868 613 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC004066.1-201ENST00000502488 802 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 IMPA2-207ENST00000588927 787 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 HKR1-225ENST00000592168 566 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 DGAT2L7P-201ENST00000602462 744 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 TRPC6-202ENST00000348423 2448 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 IL9RP3-201ENST00000442856 1674 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 OAS1-202ENST00000445409 1684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 OSER1-201ENST00000255174 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC092127.1-201ENST00000567093 3455 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 C16orf89-201ENST00000315997 1872 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AL353608.3-201ENST00000603200 2211 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 PNKD-202ENST00000258362 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 MAGOH-202ENST00000371470 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AL627231.1-201ENST00000394467 1125 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AL627422.1-201ENST00000434104 580 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC018463.1-201ENST00000456674 917 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 MRPL22P1-201ENST00000505398 616 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 CMPK1-203ENST00000371873 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 C2orf54-202ENST00000388934 1911 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 C21orf33-202ENST00000348499 1506 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 PIKFYVE-204ENST00000407449 1898 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SHISA2-201ENST00000319420 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ALKBH2-201ENST00000343075 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 MAATS1-203ENST00000463700 939 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 UPK1B-205ENST00000497685 981 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 REEP5-205ENST00000504247 480 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC008723.1-201ENST00000506922 207 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 REEP5-207ENST00000513339 1139 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ALG1L6P-201ENST00000515248 758 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC090857.1-201ENST00000527400 390 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 RBM8B-201ENST00000555532 525 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC145207.8-201ENST00000580897 563 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC008758.6-201ENST00000598753 588 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 RNF146-211ENST00000609447 607 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 CNGA4-201ENST00000379936 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ATP6AP2-213ENST00000636251 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 GFRA2-204ENST00000518077 1503 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 STMN1-203ENST00000399728 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 THOC6-207ENST00000574549 1300 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ADAMTSL1-204ENST00000380545 1562 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 RASGRP2-201ENST00000354024 2310 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AP000356.3-201ENST00000382243 753 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AL590093.1-201ENST00000416119 623 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 APOC1P1-201ENST00000507983 630 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 BX537318.1-201ENST00000608290 1207 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 COL4A1-204ENST00000543140 2547 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 TMEM51-204ENST00000428417 1942 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 GRAMD2B-217ENST00000515200 3109 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 BTBD10-208ENST00000528120 1662 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC144522.1-201ENST00000625111 1658 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 PCDHB19P-201ENST00000570871 2371 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC084364.1-201ENST00000551967 1556 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.1 ms