Protein–RNA interactions for Protein: O43679

LDB2, LIM domain-binding protein 2, humanhuman

Predictions only

Length 373 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB2O43679 GDF6-201ENST00000287020 3701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 CKS1B-202ENST00000368436 820 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 RBM43-202ENST00000409092 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 UGT1A2P-201ENST00000454886 866 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 AC129507.1-201ENST00000570711 1013 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 RDM1-220ENST00000616596 1032 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 RDM1-228ENST00000620284 1177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 OR4C6-202ENST00000641251 1058 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 PABPC4-202ENST00000372857 3048 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 MCFD2-201ENST00000319466 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 SERTAD4-201ENST00000367012 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 CD2BP2-203ENST00000569466 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 CLK3P2-201ENST00000427566 1453 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 ASCL1-201ENST00000266744 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 AL390038.1-201ENST00000419814 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 AL359258.1-201ENST00000438965 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 ZEB1-AS1-208ENST00000607166 2503 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 PPFIBP2-201ENST00000299492 3557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 MROH4P-201ENST00000431302 1578 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 AC103702.1-201ENST00000548801 2630 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 RAD23B-201ENST00000358015 4119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 FBN1-205ENST00000560355 4109 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LDB2O43679 IL9R-201ENST00000244174 1944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 GCLC-213ENST00000616923 3694 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 ASIC1-202ENST00000447966 3778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 KRT71-201ENST00000267119 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 LINC01267-201ENST00000502417 2284 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 HOGA1-202ENST00000370646 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 AQP1-204ENST00000441328 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 CNKSR1-201ENST00000361530 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 GARS-201ENST00000389266 2634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 C9orf172-201ENST00000436881 4387 ntAPPRIS P1 BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 LMF2-201ENST00000216080 2658 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 UROC1-202ENST00000383579 2735 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 TNRC18P2-201ENST00000417666 2714 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 SLC12A5-209ENST00000616201 2955 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 PKDREJ-201ENST00000253255 7693 ntAPPRIS P1 BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 CALY-203ENST00000368558 825 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 AC147067.1-201ENST00000466692 579 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 RCHY1-210ENST00000513257 759 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 PXN-AS1-204ENST00000542265 854 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 TMEM179-205ENST00000615704 636 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 LINC02495-201ENST00000508601 4167 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 AGFG1-202ENST00000373671 1669 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 RHNO1-202ENST00000461997 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 CPEB2-203ENST00000382395 5524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 BPIFB2-201ENST00000170150 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 SHMT2-202ENST00000414700 2006 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 EPHX2-209ENST00000521780 2038 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 PLD3-204ENST00000409281 2115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 POFUT2-214ENST00000615172 2472 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 CASP2-201ENST00000310447 4225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 CGGBP1-201ENST00000309534 4495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 DUOX1-202ENST00000389037 5483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 ASXL1-210ENST00000613218 7038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
LDB2O43679 GCLM-201ENST00000370238 4857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LDB2O43679 HID1-202ENST00000425042 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LDB2O43679 CCDC8-201ENST00000307522 3213 ntAPPRIS P1 BASIC15.55■□□□□ 0.08
LDB2O43679 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LDB2O43679 ALPI-201ENST00000295463 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LDB2O43679 SNX14-215ENST00000513865 2259 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
LDB2O43679 AL928654.2-201ENST00000551271 2279 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
LDB2O43679 TUFT1-201ENST00000353024 2107 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
LDB2O43679 AGAP7P-201ENST00000582299 2062 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
LDB2O43679 AGAP14-201ENST00000624701 2060 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
LDB2O43679 ADHFE1-203ENST00000396623 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LDB2O43679 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LDB2O43679 KITLG-202ENST00000347404 1948 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LDB2O43679 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
LDB2O43679 AC004805.1-201ENST00000577662 1616 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
LDB2O43679 ASAH1-221ENST00000636128 1608 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
LDB2O43679 VAV2-201ENST00000371850 4837 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LDB2O43679 DGAT2L6-201ENST00000333026 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LDB2O43679 PITPNM1-202ENST00000436757 4216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 85.5 ms