Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 ASPH-202ENST00000379449 1603 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 ALDOA-225ENST00000569545 1359 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CBSL-201ENST00000398168 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 HSD17B6-205ENST00000554643 1751 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 TC2N-206ENST00000556018 1770 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 UGGT2-204ENST00000397618 1547 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CLRN1-203ENST00000328863 738 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CALCA-201ENST00000331587 843 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CD8A-204ENST00000409781 597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AC007319.1-202ENST00000412276 829 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AL354877.1-201ENST00000424412 413 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 FTLP1-201ENST00000449155 526 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 TMEM14B-210ENST00000473276 730 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 PRSS30P-202ENST00000475030 752 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AC100850.1-201ENST00000506768 649 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 BHMT-206ENST00000524080 1207 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 FANCA-204ENST00000534992 1088 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 MSRB3-209ENST00000540804 884 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 ZNF385A-213ENST00000551771 1111 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AC090386.1-202ENST00000586610 469 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AL021997.3-201ENST00000621053 557 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 LINC00969-254ENST00000625358 962 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 FRA10AC1-201ENST00000359204 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 COX10-AS1-202ENST00000449363 1944 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 PKD1P1-201ENST00000458669 6805 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 ENC1-207ENST00000618628 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 ZNF805-201ENST00000354309 2396 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 GCK-209ENST00000616242 2260 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 ZP3-201ENST00000336517 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 ZAP70-201ENST00000264972 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 C7orf33-201ENST00000307003 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 MINDY1-202ENST00000361738 1961 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 C11orf71-202ENST00000623205 1980 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 C10orf62-201ENST00000370640 1208 ntAPPRIS P1 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 KCNAB2-207ENST00000378111 822 ntTSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 SMARCE1-204ENST00000400122 1263 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 TMEM210-201ENST00000413619 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AC091390.4-201ENST00000484974 491 ntTSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 MRNIP-220ENST00000523084 1096 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 SMARCE1-213ENST00000578044 1184 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 SMARCE1-216ENST00000580419 1228 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AC008763.1-201ENST00000601797 843 ntTSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AL603764.1-201ENST00000636452 321 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 PYROXD2-201ENST00000370575 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 RNASE1-202ENST00000397967 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 SUMO3-203ENST00000397898 1779 ntTSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 SLC22A1-202ENST00000366963 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 TDRKH-204ENST00000368825 2651 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 ILF3-AS1-201ENST00000591501 1983 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 PPP1CA-201ENST00000312989 1389 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CORO6-201ENST00000345068 2603 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 ANGPTL8-201ENST00000252453 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 TSPO-203ENST00000396265 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 MPV17-204ENST00000399052 749 ntTSL 4 BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AC016825.1-201ENST00000433600 778 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AL035588.1-201ENST00000438967 408 ntTSL 3 BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 TCEAL4-208ENST00000472484 1273 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AP003419.2-201ENST00000543494 711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AC025154.1-201ENST00000552806 560 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 MRPL34-203ENST00000595444 863 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 ANGPTL8-204ENST00000616433 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 HIBCH-201ENST00000359678 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 STAT5A-207ENST00000546010 3086 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CHAT-203ENST00000351556 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CCDC136-212ENST00000487361 2268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CES4A-203ENST00000535696 1472 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AURKC-203ENST00000448930 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 TUBBP5-203ENST00000508529 1334 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 LINC00327-203ENST00000576696 1308 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 MAGEA9-201ENST00000243314 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CADM3-201ENST00000368124 2546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 COQ8A-201ENST00000366777 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
CCDC87Q9NVE4 TNIP1-217ENST00000523200 1743 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
CCDC87Q9NVE4 BMP4-206ENST00000559087 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
CCDC87Q9NVE4 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.7 ms