Protein–RNA interactions for Protein: Q9HBJ7

USP29, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 29, humanhuman

Predictions only

Length 922 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP29Q9HBJ7 NF2-202ENST00000338641 6025 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 TMEM139-201ENST00000359333 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 CDR2L-201ENST00000337231 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 AL390038.1-201ENST00000419814 2481 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 AL359258.1-201ENST00000438965 2481 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 C6orf106-203ENST00000374026 4232 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 SPIB-201ENST00000270632 1443 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 FDPS-202ENST00000368356 1431 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 AIFM2-202ENST00000373248 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 RIBC2-202ENST00000614167 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 NBPF15-202ENST00000488031 4535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 UBAP1-201ENST00000297661 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 RAB3IL1-201ENST00000301773 2125 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 ANO1-201ENST00000316296 2118 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 TUFT1-201ENST00000353024 2107 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 CHIA-201ENST00000343320 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 MBD1-203ENST00000339998 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 ARHGAP23-221ENST00000620417 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 BLMH-201ENST00000261714 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 SYT17-201ENST00000355377 3081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 TRIM14-201ENST00000341469 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 ERRFI1-201ENST00000377482 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 ELFN1-201ENST00000424383 3845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 SH3RF1-201ENST00000284637 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 TRAPPC8-210ENST00000582513 3205 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 HNRNPA1-202ENST00000340913 1842 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 TJAP1-207ENST00000436109 2572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP29Q9HBJ7 CDC42BPG-201ENST00000342711 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 MAGI1-202ENST00000402939 4389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 ATG4B-205ENST00000404914 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 LST1-202ENST00000303757 604 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 C10orf35-201ENST00000373279 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 RCL1-204ENST00000381750 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 AL133481.1-201ENST00000438554 511 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 C3orf14-202ENST00000462069 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 AL139349.1-201ENST00000530479 577 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 DUSP22-202ENST00000419235 3098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 GLYCTK-207ENST00000477382 1304 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 PNPLA3-203ENST00000423180 2222 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 TTC13-201ENST00000366661 3253 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 CPA1-201ENST00000011292 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 AC084364.1-201ENST00000551967 1556 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 EPHX2-202ENST00000517536 1600 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 FAM45BP-202ENST00000592932 1624 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 MED16-207ENST00000589119 2772 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 RBFOX3-211ENST00000583458 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 PODN-201ENST00000312553 3010 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 TRMT10C-201ENST00000309922 1819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 AEN-201ENST00000332810 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 LMNA-201ENST00000347559 3137 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 SNAP91-205ENST00000439399 4452 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 NAALADL1-203ENST00000356632 2118 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 ZNF385A-201ENST00000338010 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 EYA4-205ENST00000430974 2364 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 STRA6-218ENST00000574278 2455 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 CICP24-201ENST00000605464 2705 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 DDX1-202ENST00000381341 2817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 SLC30A1-201ENST00000367001 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 DHX36-201ENST00000308361 3487 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 JTB-201ENST00000271843 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 WFDC3-204ENST00000372632 704 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 AC073283.1-201ENST00000421759 860 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 PRKAG2-AS1-202ENST00000467458 1064 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 SERBP1P5-201ENST00000510079 1181 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 SPSB2-204ENST00000523102 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP29Q9HBJ7 SPSB2-205ENST00000524270 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms