Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL9A3Q14050 SELENOT-203ENST00000477889 944 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL9A3Q14050 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
COL9A3Q14050 LINC01336-202ENST00000506086 479 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL9A3Q14050 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL9A3Q14050 AP006621.2-201ENST00000533938 284 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL9A3Q14050 LYSMD2-204ENST00000560491 1026 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL9A3Q14050 ZNF324B-203ENST00000594214 564 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL9A3Q14050 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
COL9A3Q14050 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL9A3Q14050 DMPK-202ENST00000343373 3227 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL9A3Q14050 PVR-203ENST00000403059 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL9A3Q14050 SYBU-208ENST00000440310 3072 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL9A3Q14050 CCNL1-202ENST00000295926 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL9A3Q14050 MEGF10-206ENST00000508365 2365 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL9A3Q14050 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL9A3Q14050 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 SHOX2-202ENST00000425436 1513 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 ZCCHC17-206ENST00000616393 1534 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 USP28-214ENST00000545540 3431 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 FAN1-207ENST00000565466 2304 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 IMPDH1-203ENST00000354269 2580 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 CHRNA7-217ENST00000636603 2012 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 TRPV4-201ENST00000261740 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 SPHK2-210ENST00000599748 2683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 LRP8-202ENST00000347547 2382 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 MAP1S-201ENST00000324096 3419 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 RCOR2-201ENST00000301459 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 AC018755.2-201ENST00000599649 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 GIMAP1-201ENST00000307194 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 ZNF281-201ENST00000294740 4891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 MRPL55-215ENST00000366742 630 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 NME2-201ENST00000393183 568 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 RNA5SP421-201ENST00000516864 134 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 HMOX2-204ENST00000414777 1752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 MAGI3-204ENST00000369617 3911 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 TNFSF13-202ENST00000349228 2036 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 SPIRE1-201ENST00000309836 1877 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 STYXL1-203ENST00000359697 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 LINC01107-201ENST00000446979 1975 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 GPN1-212ENST00000616939 1832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 FER1L4-213ENST00000621044 2778 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 ZBED1P1-201ENST00000502364 1930 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 BHMG1-201ENST00000457052 2749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 ZNF324-201ENST00000196482 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 MAP2K5-201ENST00000178640 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 KRTAP6-3-201ENST00000391624 636 ntAPPRIS P1 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 AC019103.1-201ENST00000503095 272 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 FADS2-205ENST00000517839 469 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 CTBP2P3-201ENST00000585629 1255 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 RPSAP52-203ENST00000622976 1023 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 CDK16-202ENST00000357227 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 AC123912.2-201ENST00000594927 2409 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 MTRF1L-201ENST00000367230 3431 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 MVK-207ENST00000539575 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 UNC119B-201ENST00000344651 4404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 TBK1-201ENST00000331710 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 IQCF3-205ENST00000456080 1685 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 ZNF563-201ENST00000293725 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 IGHA1-202ENST00000641837 1310 ntAPPRIS P5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 GOLGA8M-201ENST00000563027 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 ZNF384-202ENST00000355772 2514 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 KATNA1-203ENST00000367411 1984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 TP53I11-208ENST00000525680 2647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 ANKRD46-205ENST00000520311 3270 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL9A3Q14050 SLC25A33-201ENST00000302692 3854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
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