Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 TUBA8-202ENST00000330423 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 HLF-201ENST00000226067 5547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 ASS1-204ENST00000372394 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 TPRKB-202ENST00000318190 819 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 C1orf53-201ENST00000367393 588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 SLC16A6P1-201ENST00000413214 1059 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 CDRT15-201ENST00000420162 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC098935.1-201ENST00000446057 611 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 TMEM14B-210ENST00000473276 730 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AL391280.1-201ENST00000506969 1062 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 TP53AIP1-204ENST00000530777 363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 NPM1P43-201ENST00000558669 786 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AQP8-202ENST00000566125 1276 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 SYT17-208ENST00000568433 812 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC129926.1-201ENST00000581944 614 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 RN7SL736P-201ENST00000613111 269 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 CCDC197-205ENST00000636493 1279 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 HCRTR1-202ENST00000373706 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC005253.1-201ENST00000597411 2001 ntTSL 4 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 MPZL2-202ENST00000438295 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 SYBU-231ENST00000533065 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 MREG-205ENST00000620139 2618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 HSD17B6-201ENST00000322165 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 GALNT11-205ENST00000430044 2727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 CAMK2D-201ENST00000296402 5820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 PIGT-201ENST00000279035 1880 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 MFGE8-215ENST00000566497 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 FGF1-201ENST00000337706 1469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 RAB40AL-201ENST00000218249 1029 ntAPPRIS P1 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 CAPZB-201ENST00000264202 858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 MRPS22-201ENST00000310776 1120 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 CST9L-201ENST00000376979 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC099552.2-201ENST00000418523 456 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC006335.1-201ENST00000445200 547 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AGTRAP-206ENST00000452018 809 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 CEP164P1-201ENST00000455142 418 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 PPP2R1A-209ENST00000477989 444 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC021723.1-201ENST00000486306 515 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC019193.1-201ENST00000506678 823 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC106794.1-201ENST00000506935 792 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 MARK2P5-201ENST00000507649 634 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AL049795.2-201ENST00000515055 667 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC113192.2-201ENST00000525320 308 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 PGAM1P5-201ENST00000548011 764 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 EID1-202ENST00000560490 584 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC126696.1-201ENST00000561567 756 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 C19orf25-205ENST00000588427 853 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 TPGS2-209ENST00000589049 1102 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC004923.1-202ENST00000642106 209 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 ATP6AP2-201ENST00000378438 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 HNF1B-203ENST00000617272 1820 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 TANK-202ENST00000392749 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 MLPH-204ENST00000410032 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 CEP76-202ENST00000423709 2197 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 PRPF31-201ENST00000321030 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 TSPEAR-202ENST00000397916 2114 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 FSTL3-206ENST00000592947 2144 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 SNHG1-213ENST00000540725 1374 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 UNG-201ENST00000242576 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 AC068831.3-201ENST00000553321 1858 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 SNRNP27-202ENST00000409116 1339 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 C17orf74-201ENST00000333870 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 FAM32A-201ENST00000263384 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 RHD-206ENST00000423810 1637 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 PON3-201ENST00000265627 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 TCEAL6-201ENST00000372773 983 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.6 ms