Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 PON3-201ENST00000265627 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 TNNT2-206ENST00000367320 1007 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 C1orf43-205ENST00000368519 1163 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 ALG1L2-201ENST00000425059 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AC114812.1-204ENST00000449669 728 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 PRPS2-205ENST00000489404 763 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 PGAM1P5-201ENST00000548011 764 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 CENPX-208ENST00000584347 799 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AF254983.2-201ENST00000612331 135 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 COX6A1P2-201ENST00000620597 330 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 SRSF3-208ENST00000620941 869 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 ENPP7P14-201ENST00000621765 1040 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 ACTN2-207ENST00000546208 5103 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 PPP1CA-201ENST00000312989 1389 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 MTDH-201ENST00000336273 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 MAP7-209ENST00000618822 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AC148477.4-201ENST00000613430 1793 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 WDR81-202ENST00000409644 6733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 LCMT2-202ENST00000567039 1545 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 CAPZB-201ENST00000264202 858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 C14orf178-201ENST00000355883 642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 APRT-201ENST00000378364 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 PSME1-202ENST00000382708 1136 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 RAMP3-202ENST00000481345 559 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 NDUFC2-KCTD14-202ENST00000530054 656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 CR589904.1-202ENST00000611154 660 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 Metazoa_SRP.65-201ENST00000615602 264 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 LINC02273-201ENST00000499452 1592 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 ASXL1-210ENST00000613218 7038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB44-201ENST00000357899 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 C12orf76-207ENST00000549724 1302 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 EHF-212ENST00000533754 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 HNF4A-202ENST00000316673 1470 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 DPCD-202ENST00000370151 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 PARVG-202ENST00000415224 999 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AL021707.5-201ENST00000420118 461 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AC131097.3-203ENST00000420272 1193 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 RPL13AP19-201ENST00000434320 584 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 XXYLT1-AS1-201ENST00000458531 431 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 KRBOX4-206ENST00000478600 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AP000808.2-201ENST00000542410 569 ntTSL 4 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 LINC01475-201ENST00000548010 766 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AL135838.1-202ENST00000556411 441 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 EID1-202ENST00000560490 584 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 CCL5-202ENST00000605140 1244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AP001002.3-201ENST00000623482 206 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 POLL-217ENST00000628479 1953 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0E2-212ENST00000611515 2565 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 COX6B2-201ENST00000326529 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 HMGN3-201ENST00000275036 831 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 KDSR-201ENST00000326575 1024 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 ERCC1-203ENST00000340192 949 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 HMGN3-202ENST00000344726 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 PSMB5-202ENST00000361611 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 LYPLA2-202ENST00000374502 1072 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AC073316.1-202ENST00000402115 988 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 CMC1-204ENST00000423894 549 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AC106794.1-201ENST00000506935 792 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 BANK1-207ENST00000508653 2115 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 CSTF3-206ENST00000524827 693 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 CFL1-206ENST00000527344 962 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 FANCA-205ENST00000543736 1000 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AL161670.2-201ENST00000557650 1227 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AC135983.4-201ENST00000564116 1262 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 OR10B1P-201ENST00000601666 907 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 C20orf141-202ENST00000603872 580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.8 ms