Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 DDX19B-203ENST00000393657 1717 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 HS6ST2-201ENST00000370833 1938 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 SPATA21-201ENST00000335496 2015 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 JADE2-202ENST00000361895 3212 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 PRRT4-201ENST00000446477 3544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 PSME1-202ENST00000382708 1136 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 KLK8-204ENST00000391806 1051 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AP1S3-204ENST00000409375 552 ntTSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AL136361.1-201ENST00000435429 506 ntTSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 HIST2H2BB-201ENST00000449108 381 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AGTRAP-212ENST00000510878 849 ntTSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AC007569.1-201ENST00000550306 600 ntTSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AC110285.3-201ENST00000574472 665 ntTSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 SIRT2-219ENST00000613542 1170 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AP001505.2-201ENST00000616815 443 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 MIR7845-201ENST00000618396 99 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AP001002.3-201ENST00000623482 206 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AC044839.1-204ENST00000634777 1058 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 FGF1-201ENST00000337706 1469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CNGA4-201ENST00000379936 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 NAT9-210ENST00000580301 1860 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 C14orf93-207ENST00000397382 1986 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CTNNBL1-209ENST00000621317 1990 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 TRIM39-205ENST00000396551 3249 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 ABHD18-203ENST00000444616 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CSAD-208ENST00000444623 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 PHYH-203ENST00000396920 1829 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 MPDU1-201ENST00000250124 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 DYNC1LI2-203ENST00000443351 1502 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 UIMC1-201ENST00000377227 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 BTN3A1-204ENST00000425234 1882 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 EIF4A1-201ENST00000293831 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 PSME1-201ENST00000206451 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AKIP1-201ENST00000299576 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 SDCCAG3P2-201ENST00000326105 1023 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 FAM24B-202ENST00000368898 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 NFYC-202ENST00000372651 1202 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CSNK2B-201ENST00000375865 908 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 DKFZp779M0652-201ENST00000378779 649 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 LINC02158-201ENST00000432377 897 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CHMP1AP1-201ENST00000445563 662 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 LEF1-AS1-204ENST00000508266 559 ntTSL 4 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AC106820.3-201ENST00000561653 397 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 SAMD11P1-201ENST00000571429 661 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AC010323.1-201ENST00000598884 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AL645728.2-202ENST00000641679 227 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 RGS11-202ENST00000316163 2376 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 IL12A-201ENST00000305579 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 RAB15-203ENST00000533601 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 GNAI2-207ENST00000451956 1486 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 IL11-201ENST00000264563 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 IGF1-201ENST00000307046 1097 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 BEX2-201ENST00000372674 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 IGF1-203ENST00000392904 761 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 SPTLC1P5-201ENST00000450718 252 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 RPL23A-206ENST00000496182 636 ntTSL 3 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 SDHD-202ENST00000525291 790 ntTSL 3 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AL136309.4-201ENST00000527831 640 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CDK2AP2-205ENST00000531506 634 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AC009088.2-201ENST00000564743 463 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 MEF2C-227ENST00000626391 1182 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 PLEKHB2-211ENST00000628582 1297 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 MEF2C-231ENST00000628656 1254 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 LINC01529-205ENST00000637365 2000 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 APLP1-202ENST00000537454 2266 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 DRC3-201ENST00000313838 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 FGFR1OP-201ENST00000349556 1484 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC87Q9NVE4 AC245123.1-202ENST00000612422 1719 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.9 ms