Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AC005915.1-201ENST00000624912 2018 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 CPEB2-209ENST00000538197 6878 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 VIPR2-201ENST00000262178 3944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 ADIRF-AS1-201ENST00000418273 2627 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 MREG-205ENST00000620139 2618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AP003397.1-201ENST00000525706 1387 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 ANK1-203ENST00000314214 1185 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AL133267.1-201ENST00000398220 340 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AL591684.1-201ENST00000434533 234 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AL136982.2-201ENST00000451760 234 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 SRSF10-211ENST00000484146 1089 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AC105389.3-201ENST00000508038 907 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 NDUFC2-204ENST00000528164 561 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AC239802.2-201ENST00000532137 554 ntTSL 4 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC15-208ENST00000538393 867 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 MAP1LC3B2-202ENST00000556529 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 SMIM22-209ENST00000591870 355 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AC011491.1-203ENST00000637688 543 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 PLA1A-201ENST00000273371 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 MAGEA2-204ENST00000611674 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 GLDC-201ENST00000321612 3900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 EPHX2-201ENST00000380476 2064 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 SFTA3-204ENST00000518529 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 LRRC59-203ENST00000576448 1531 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 RAB15-203ENST00000533601 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 PIGC-201ENST00000344529 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 RBPMS2-202ENST00000560606 1746 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AC245123.1-202ENST00000612422 1719 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 UBXN11-207ENST00000374223 1312 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 LINC00327-203ENST00000576696 1308 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 IER3-201ENST00000259874 1244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 CALCA-201ENST00000331587 843 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 PRTFDC1-203ENST00000376378 747 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 IYD-204ENST00000392255 1180 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 DBI-203ENST00000393103 599 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 VAMP8-203ENST00000432071 664 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 FGFR3P1-201ENST00000449999 601 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AC025183.2-201ENST00000503386 428 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 IGLV3-15-201ENST00000518356 244 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 UBXN1-214ENST00000533000 367 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 LINC01629-201ENST00000553613 581 ntTSL 4 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 FBXL12-204ENST00000586469 544 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 C19orf25-205ENST00000588427 853 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 TBCB-211ENST00000589996 724 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AC073352.2-201ENST00000609385 439 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 AC100757.4-201ENST00000626934 759 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 EDDM13-208ENST00000637802 854 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 NSMCE3-201ENST00000332303 4838 ntAPPRIS P1 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 TBRG4-203ENST00000395655 2225 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P4-201ENST00000509735 1454 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 BX276092.9-202ENST00000636096 1722 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 NFIX-210ENST00000588228 1692 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 PSEN2-211ENST00000626989 1972 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 C20orf202-201ENST00000400633 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 STOX1-201ENST00000298596 3377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC9Q9Y3X0 SCRN1-205ENST00000425819 1552 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms